Enzymer er en del af naturen, og derfor er de fuldstændigt bionedbrydelige. Når de industrielle enzymer har udført deres arbejde, ledes de ud af fabrikken med spildevandet. De brugte enzymer klarer sig ikke længe i det omkringliggende miljø. Naturen indeholder mange mikroorganismer, som nemt nedbryder enzymerne til aminosyrer, der bruges til at opbygge livet omkring os.
Den kendsgerning, at de industrielle enzymer ikke efterlader nogen farlige affaldsprodukter, gør dem til den mest miljøvenlige løsning på de fleste af industriens problemer.