Vongsangnak, W.、Olsen, P.、Hansen, K.、Krogsgaard, S.、Nielsen, J.
“通过米曲霉的基因组规模代谢模型构建改善注释”
《BMC 基因组学 (BMC Genomics)》,第 9 卷,文章编号 245。(2008)

摘要

背景:自古代起,发酵行业已使用丝状真菌米曲霉来生产发酵酱料和工业酶。近期发布了带有 12,074 个注释基因的米曲霉的基因组序列,但假设蛋白质的数量占到注释基因的 50% 以上。因此,考虑到这种真菌在工业领域的重要性,改善注释并进一步集成适用于该微生物及其他相关真菌的基因组信息与生化和生理学信息尤其有价值。本文中,我们提出通过米曲霉表达序列标签 (EST) 库的构建、排序和组装来实现基因预测。我们通过已制定的注释策略来推动功能分配。产生的更好注释用于​重建代谢网络,从而得到米曲霉的基因组规模代谢模型。结果:在我们组装的 EST 序列中,我们在米曲霉基因组中发现了 1,046 个新预测的基因。​此外,可以将假设的蛋白质功能分配给 398 个新预测的基因。值得注意的是,通过我们的注释策略,已将新的假设功能分配给米曲霉基因组数据库中已存在的 1,469 个假设蛋白质。利用显著改善的注释基因组,我们重新构建了米曲霉的代谢网络。该网络包含 729 个酶、1,314 个酶编码基因、1,073 个代谢物和 1,846 个(其中 1,053 个为独有的反应)生物化学反应。代谢反应划分成胞液、线粒体、过氧化物酶体和细胞外空隙。区室和细胞外空隙之间的转运步骤代表 281 个反应,其中 161 个为独有的反应。代谢模型经过验证,证明可正确描述在不同碳源生长的米曲霉的表型行为。结论:对米曲霉基因组执行了显著改善的注释,并重新构建了米曲霉的基因组规模代谢模型。该模型可准确预测在不同碳源上的生长与生物量产量。模型是我们进一步了解米曲霉生理机能的重要资源。© 2008 Vongsangnak 等;被许可方 BioMed Central Ltd.

 

Martinez, D.、Berka, R.M.、Henrissat, B.、Saloheimo, M.、Arvas, M.、Baker, S.E.、Chapman, J.、Chertkov, O.、Coutinho, P.M.、Cullen, D.、Danchin, E.G.J.、Grigoriev, I.V.、Harris, P.、Jackson, M.、Kubicek, C.P.、Han, C.S.、Ho, I.、Larrondo, L.F.、De Leon, A.L.、Magnuson, J.K.、Merino, S.、Misra, M.、Nelson, B.、Putnam, N.、Robbertse, B.、Salamov, A.A.、Schmoll, M.、Terry, A.、Thayer, N.、Westerholm-Parvinen, A.、Schoch, C.L.、Yao, J.、Barbote, R.、Nelson, M.A.、Detter, C.、Bruce, D.、Kuske, C.R.、Xie, G.、Richardson, P.、Rokhsar, D.S.、Lucas, S.M.、Rubin, E.M.、Dunn-Coleman, N.、Ward, M.、Brettin, T.S.
“生物质降解真菌里氏木霉(又名红褐肉座菌)的基因组测序和分析”
《自然生物科技 (Nature Biotechnology)》,第 26 卷第 5 期,第 553-560 页。(2008)

摘要
里氏木霉是纤维素酶和半纤维素酶的主要工业来源,后两者用于将生物质解聚成单糖,然后转换成化学中间体和生物燃料,如乙醇等。我们组装了 89 个支架(有序的定向重叠群组),以生成 34 Mbp 的近连续里氏木霉基因组序列,其中包括 9,129 个预测基因模型。出乎意料的是,考虑到里氏木霉的糖类活性酶的工业用途和有效性,与能够水解植物细胞壁多糖的任何其他测序真菌相比,其基因组编码的纤维素酶和半纤维素酶更少。许多里氏木霉基因编码糖类活性酶以非随机的方式成簇分布于共线性区域和其他粪壳菌纲之间。次生代谢物的许多基因编码生物合成途径可促进里氏木霉在其竞争性土壤生境中的存活率,但通过基因组分析,很难了解其独特蛋白质分泌能力的机制。针对生物燃料生产等工业应用,我们的分析和基因组序列数据共同为构建增强里氏木霉菌株提供了路线图。

 

David, H.、Özçelik, I.Ş.、Hofmann, G.、Nielsen, J.
“基因组规模构巢曲霉代谢的分析”
《BMC 基因组学 (BMC Genomics)》,第 9 卷,文章编号 163。(2008)

摘要​

背景:构巢曲霉属于多样化的丝状真菌群,具备其他丝状真菌的许多特性,在医药、农业和工业领域具有重要意义。此外,构巢曲霉一直是发育生物学和基因调控研究的经典模型生物,因此已成为特征最明确的丝状真菌之一。这是第一个进行基因组测序的曲霉属真菌,根据自动基因预测工具的预测,基因组中有 9,451 个开放阅读框 (ORF),已为其中不足 10% 分配功能。结果:在本​研究中,通过使用途径驱动型方法,并通过采用基于序列相似性的比较基因组学工具,我们将功能手动分配给构巢曲霉代谢中的 472 个孤儿基因。根据适用于构巢曲霉和酿酒酵母的具体代谢重新构建,以及有关构巢曲霉遗传学、生物化学和生理学的信息,对构巢曲霉的中间代谢及相关次生代谢物的生物合成途径进行了重新构建。通过该方法,可以识别未关联基因的代谢功能,也可以通过比较其序列与其他对相关功能进行编码的物种中特征明确的基因的序列,在构巢曲霉的基因组中寻找候选 ORF。为了以客观、系统化的方式在候选 ORF 中评估和选择 ORF,已制定一个基于已定义标准的分类系统。功能分配是建立数学模型的基础,用于将 666 个基因(包括之前注释和新注释的基因)与代谢作用关联。模型用于模拟代谢行为,并集成、分析和解读有关葡萄糖阻遏研究的大规模基因表达数据,从而提供升级实验数据信息内容的途径,并进一步了解构巢曲霉中的该现象。结论:我们证明了构巢曲霉的途径模型构建如何可用于改善该生物体基因组的功能注释。此外,我们证明了代谢模型如何在基因之间建立功能连接,​从而实现转录组数据的信息内容升级。© 2008 David 等;被许可方 BioMed Central Ltd.

 

Baker, S.E.、Thykaer, J.、Adney, W.S.、Brettin, T.S.、Brockman, F.J.、D'haeseleer, P.、Martinez, A.D.、Miller, R.M.、Rokhsar, D.S.、Schadt, C.W.、Torok, T.、Tuskan, G.、Bennett, J.、Berka, R.M.、Briggs, S.P.、Heitman, J.、Taylor, J.、Gillian Turgeon, B.、Werner-Washburne, M.、Himmel, M.E.
“真菌基因组测序和生物能”
《真菌生物学评论 (Fungal Biology Reviews)》,第 22 卷第 1 期,第 1-5 页。(2008)

摘要

迄今为止,正在进行的丝状真菌基因组测序项目的数量比细菌和古细菌基因组项目少近十倍。选择用于测序的真菌多样性范围较窄;大部分是病原菌或模型。我们倡导规模宏大、富有远见的基于种系的基因组测序计划,以期了解真菌领域的代谢多样性,从而促进对替代生物能来源、生物修复和真菌-环境相互作用的研究。

 

Oh, Y.-K.、Palsson, B.O.、Park, S.M.、Schilling, C.H.、Mahadevan, R.
“基于高通量表型和基因必要性数据,对枯草杆菌中的代谢网络进行基因组规模重建”
《生物化学期刊 (Journal of Biological Chemistry)》,第 282 卷第 39 期,第 28791-28799 页。(2007)

摘要

在本报告中,我们提出根据基因组、生物化学和生理学信息及高通量表型试验,对枯草杆菌代谢及其迭代发展进行基因组规模重建。初始重建转换成 in silico 模型,并以四步迭代的方式进行扩展。首先,使用网络缺口分析识别生长需要但没有在基因组注释中发现的 48 个缺失反应。第二,比较在需氧条件下计算的生长率与高通量表型筛选数据,在考虑的 271 例中,初始 in silico 模型可以定性地预测其中 140 例的结果。通过对不准确预测进行详细分析,初始重建中增加了 75 个反应,271 例中有 200 例计算正确。第三,通过对淘汰菌株的生长表型进行 in silico 计算,我们发现,与 720 例(共评估 766 例)的实验观察结果相符。​第四,对大规模底物利用率和基因必要性数据以及基因组规模代谢模型的综合分析表明,需要基因组注释中缺少的 80 个特异性酶(转运,53 个;细胞内反应,27 个)。在随后的序列分析中,辨识了可假定分配给 13 个细胞内酶的基因。最终重建占到 844 个开放阅读框,由 1020 个代谢反应和 988 个代谢物组成。因此,in silico 模型可用于以实验的方式获得对不同基因代谢功能的可验证假说。© 2007 The American Society for Biochemistry and Molecular Biology, Inc. 版权所有

 

Tang, M.R.、Sternberg, D.、Behr, R.K.、Sloma, A.、Berka, R.M.
“使用转录谱和生物信息学解决生产问题”
《工业生物科技 (Industrial Biotechnology)》,第 2 卷第 1 期,第 66-74 页。(2006)

摘要

在工业发酵过程中,色素的产生是不尽人意的,通常需要经过费用昂贵的纯化步骤,从预期商业产品中去除有色化合物。我们观察到,合成异种多糖透明质酸 (HA) 的重组枯草杆菌菌株产生了大量红色色素,这种色素具有普切明(之前已描述其表征的一种铁结合性吡嗪类化合物)的生化特性。经过化学诱变后,着色的枯草杆菌突变体分离,并使用 DNA 微阵列转录组分析,与其亲本菌株进行比较。对于着色突变体中转录发生明显 (p < 0.05) 改变的基因,根据 in silico 生物信息学检查,选择 yvmC 和 cypX 作为可能的普切明生物合成基因,检查表明 yvmC 基因产物包含一些循环肽合酶的假定磷酸泛酰巯基乙胺域特征,且 cypX 基因可对类似细胞色素 P450 的酶进行编码。之前曾提出,通过对两个亮氨酸分子进行环化,然后进行包含分子氧的氧化还原反应,可实现普切明生物合成。此外,yvmC 和 cypX 基因并列位于枯草杆菌染色体上,并根据微阵列数据的层次聚类分析协调表达。破坏 yvmC 或 cypX 基因可获得不会产生红色色素的菌株。本研究说明,通过结合转录谱与生物信息学,可有效地解决工业发酵问题。

 

Woods, K.、Hilu, K.W.、Borsch, T.、Wiersema, J.H.
“北美香睡莲的变异和系统学模式:II. 来自 ITS 和 trnL-trnF 的序列信息”
《系统植物学 (Systematic Botany)》,第 30 卷第 3 期,第 481-493 页。(2005)

摘要

核内转录间隔区 (ITS) 和质体 trnL-trnF 区域的序列数据被用来评估北美香睡莲在北美洲范围内的种群关系,并评价香睡莲亚种和块茎睡莲亚种是否形成不同的分类单位。纳入墨西哥睡莲,因为怀疑其与北美香睡莲杂交。trnL-trnF 区域在北美香睡莲中提供了一个单一的信息位点。相比之下,ITS 区域变化更大。ITS 数据的系统发育分析支持这两个种属的单系。在北美香睡莲内,两个进化支主要代表香睡莲亚种和块茎睡莲亚种,尽管有几个个体出现在各自的进化枝之外。在 ITS 中检测到多态性位点,表明亚种之间可能存在杂交。这些杂交种的地理位置表明可能的杂交区。总体而言,分子证据支持睡莲亚种和块茎睡莲亚种的分离,他们之间基因流有限。© 2005,American Society of Plant Taxonomists 版权所有。

 

Lin, J.T.、Connelly, M.B.、Amolo, C.、Otani, S.、Yaver, D.S.
“用抑制蛋白质合成的亚抑制浓度抗生素处理,枯草芽孢杆菌的全局转录反应”
《抗微生物制剂与化疗 (Antimicrobial Agents and Chemotherapy)》,第 49 卷第 5 期,第 1915-1926 页。(2005)

摘要

通过 DNA 微阵列分析研究枯草芽孢杆菌响应亚抑制浓度蛋白质合成抑制剂(氯霉素、红霉素和庆大霉素)的全局基因表达模式。将枯草芽孢杆菌培养物用亚抑制浓度的蛋白质合成抑制剂处理 5、15、30 和 60 分钟,并在整个时间过程中测量转录模式。蛋白质合成抑制剂影响三大类基因:编码转运/结合蛋白的基因,参与蛋白质合成的基因,以及参与碳水化合物和相关分子代谢的基因。由于用氯霉素 (0.4x MIC) 或红霉素 (0.5x MIC) 处理,观察到几类基因的类似表达模式,而庆大霉素处理的细胞的表达模式则不同。参与氨基酸代谢的基因表达通过用氯霉素和红霉素处理而改变,而用庆大霉素处理未发生改变。热休克基因由庆大霉素诱导,但受到氯霉素抑制。由蛋白质合成抑制剂诱导的其他基因包括编码 ABC 转运蛋白样蛋白的 yheIH 操纵子,与多药外排蛋白相似,编码 LrgAB 同源基因的 ysbAB 操纵子,其功能是抑制细胞壁裂解(胞壁质水解酶活性)并在金黄色葡萄球菌中表达青霉素耐受性。© 2005 美国微生物学会版权所有。保留所有权利。

 

Rey, M.W.、Ramaiya, P.、Nelson, B.A.、Brody-Karpin, S.D.、Zaretsky, E.J.、Tang, M.、Lopez de Leon, A.、Xiang, H.、Gusti, V.、Clausen, I.G.、Olsen, P.B.、Rasmussen, M.D.、Andersen, J.T.、Jørgensen, P.L.、Larsen, T.S.、Sorokin, A.、Bolotin, A.、Lapidus, A.、Galleron, N.、Ehrlich, S.D.、Berka, R.M.
“工业细菌地衣芽孢杆菌的完整基因组序列以及与密切相关的芽孢杆菌种的 比较。”
《基因组生物学 (Genome biology)》,第 5 卷第 10 期,第 R77 页。(2004)

摘要

背景:地衣芽孢杆菌是一种革兰氏阳性孢子形成土壤细菌,用于生物技术行业生产酶、抗生素、生化药剂和消费品。该物种与充分研究的模式生物体枯草芽孢杆菌密切相关,并产生可能有助于自然界营养循环的各种胞外酶。结果:我们测定了地衣芽孢杆菌 ATCC 14580 基因组的完整核苷酸序列,其包含 4,222,336 个碱基对 (bp) 的圆形染色体,碱基对含有 4,208 个平均大小为 873 bp 的预测蛋白质编码基因,7 个 rRNA 操纵子和 72 个 tRNA 基因。地衣芽孢杆菌染色体含有与枯草芽孢杆菌和耐盐芽孢杆菌基因组共线的大型区域,约 80% 的预测地衣芽孢杆菌编码序列具有枯草芽孢杆菌直向同源物。结论:尽管地衣芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌基因组之间具有明显的组织相似性,但在区分这些物种的前噬菌体、转座因子和许多细胞外酶和次级代谢途径操纵子的数量和位置上存在显著差异。差异包括超过 8 万个碱基 (kb) 的区域,其包含聚酮合酶基因簇和编码制磷脂菌素合酶的 38kb 的第二个操纵子,地衣芽孢杆菌基因组中不存在该酶。完整的地衣芽孢杆菌基因组序列的可用性应该有利于设计和构建改良的工业菌株,并且允许在这组芽孢杆菌科中进行比较基因组学和进化研究。

 

Martinez, D.、Larrondo, L.F.、Putnam, N.、Sollewijn Gelpke, M.D.、Huang, K.、Chapman, J.、Helfenbein, K.G.、Ramaiya, P.、Detter, J.C.、Larimer, F.、Coutinho, P.M.、Henrissat, B.、Berka, R.、Cullen, D.、Rokhsar, D.
“木质纤维素降解黄孢原毛平革菌菌属菌株 RP78 的基因组序列”
《自然生物科技 (Nature Biotechnology)》,第 22 卷第 6 期,第 695-700 页。(2004)

摘要

白腐真菌高效地降解木质素,这是一种木材中的复杂芳香聚合物,是地球上含量最丰富的天然材料之一。这些真菌使用细胞外氧化酶,也能够转化在爆炸性污染物、杀虫剂和有毒废物中发现的相关芳香族化合物。我们使用全基因组鸟枪法对黄孢原毛平革菌菌株 RP78 的 3000 万个碱基对基因组进行了测序。黄孢原毛平革菌基因组揭示了一系列令人印象深刻的编码分泌型氧化酶、过氧化物酶和水解酶的基因,这些酶在木材腐烂中联合起作用。对基因组数据的分析将加深我们对木质纤维素降解的认识,这是全球碳循环的一个关键过程,为进一步开发用于生物质利用、有机污染物降解和纤维漂白的生物过程提供了框架。这个基因组提供了一个高质量的担子菌草案序列,一个包括重要植物和动物病原体的主要真菌门。

 

Hansen, E.H.、Schembri, M.A.、Klemm, P.、Schäfer, T.、Molin, S.、Gram, L.
“通过 DNA 微阵列分析阐明弯孢菌加卤酶系统的抗菌机制”
《应用与环境微生物学 (Applied and Environmental Microbiology)》,第 70 卷第 3 期,第 1749-1757 页。(2004)

摘要

对一种新型抗菌酶系统,即弯孢菌属过氧化物酶系统进行了研究,旨在阐明其抗菌作用机制。用亚致死浓度的酶系统应激大肠杆菌菌株 MG1655,引起暂时的生长停滞。通过使用 DNA 微阵列分析暴露于弯孢属过氧化物酶系统时改变的基因表达。仅有限数量的基因参与对弯孢属过氧化物酶系统的响应。诱导的基因包括编码小热休克蛋白的 ibpA 和 ibpB 基因,包含 6 个功能未知的基因 (b0301-b0306) 的基因簇,最后是 Cpx 途径的成员 cpxP。分别在 b0301-b0306、cpxP 和 cpxARP 删失的情况下构建了敲除突变体。只有缺乏 cpxARP 的突变体比野生型对酶系统更为敏感。我们的研究结果表明,DNA 微阵列技术不能作为唯一的技术来研究新的抗菌化合物的作用机制。然而,通过将 DNA 微阵列分析与随后产生的敲除突变体相结合,我们能够确定大肠杆菌的特定反应之一,即 Cpx 途径,其对于管理弯孢属过氧化物酶系统的应激反应非常重要。

R.M.Berka;B.A.Nelson;E.J.Zaretsky;W.T.Yoder;M.W.Rey。
“镰孢霉的基因组学:制造酶的替代真菌宿主” 
出自,《应用真菌和生物技术 (Applied Mycology & Biotechnology)》,第 4 卷,《真菌基因组学 (Fungal Genomics)》(Arora, D.K. 和 Khachatourians, G.G., 等)Elsevier Science,阿姆斯特丹 (2003)

摘要

自 1985 年以来,镰孢霉 A3/5(以前称为禾谷镰刀菌 Schwabe A3/5)一直被用作 Quorn™ 真菌蛋白的商业来源,Quorn™ 真菌蛋白是一种加工形式的真菌菌丝体,应用于几种人类食品中以模拟鸡肉或牛肉块。 对可供人类食用的有机体的监管批准使其成为一种有吸引力的候选物,可考虑作为生产工业和食品级酶的宿主。已经开发了用于遗传操作和转化镰孢菌细胞的系统以及用于引入和表达异源基因的几种强启动子和选择标记。 近期对异源木聚糖酶和真菌胰蛋白酶的市场营销为镰孢菌提供了“概念证明”,作为更为传统的真菌宿主(如黑曲霉或米曲霉)的有用替代品。 然而,与后者的生物体和充分研究的模式真菌(如粗糙脉孢菌和构巢曲霉)相比,关于镰孢菌基因组学的信息并不充分。 本章提供了基于编译表达序列标签和染色体基因序列的镰孢菌基因组信息的首个概述,以便为更全面的基因组测序工作提供动力。

 

R.M.Berka;X. Cui;C.Yanofsky。
“全基因组转录变化与枯草芽孢杆菌中影响色氨酸代谢的遗传改变和营养补充有关。”
美国国家科学院院刊,100,5682-5687 (2003)

摘要

包含 95% 枯草芽孢杆菌注释蛋白质编码 ORF 的 DNA 微阵列被用于产生一系列全基因组转录变化的快照,当细胞在各种条件下生长时会发生这些变化,相应条件预期会增加或减少芳香族前操纵子 trp 操纵子片段的转录。在下述细胞之间进行全局表达模式的比较:在存在吲哚丙烯酸(tRNATrp 装载的特异性抑制剂)的情况下生长的细胞;编码色氨酸活化的负调节蛋白 TRAP 的 mtrB 基因表达缺陷的细胞;在存在或不存在两种或三种芳族氨基酸的情况下生长的 WT 细胞;以及携带色氨酰基 tRNA 合成酶突变的细胞,其赋予温度敏感的色氨酸依赖性生长。我们的研究结果证实了色氨酸生物合成基因的预期反应,假定了不同芳香族氨基酸途径中的基因与组氨酸生物合成途径中的基因之间的调节相互关系。使用监督和非监督统计方法的组合,我们识别了 100 个基因,其表达谱与 trp 操纵子中基因的表达谱密切相关。该结果表明,这些基因的表达受到调节事件的直接或间接影响,或者是色氨酸代谢改变的结果。

 

C. Workman;L.J.Jensen;H. Jarmer;R. Berka;L. Gautier;H.H. Saxild;C. Nielsen;S. Brunak;S. Knudsen。
“降低 DNA 微阵列实验中变异性的方法。”
《基因组生物学 (Genome Biology》,3,0048.1-0048.16 (2002)

摘要

微阵列数据受到多种变异来源的影响,其中生物来源具有意义,而其他大多数来源只是混杂因素。近期工作已经确定了系统性的变异来源,其具有强度依赖性和非线性性质。系统性的变异来源不限于在 cDNA 阵列中观察到的花青染料 Cy5 和 Cy3 的区分性质,而是寡核苷酸微阵列 (Affymetrix GeneChips) 和 cDNA 微阵列数据的一般情况。目前的归一化技术通常是线性性质,因此不能完全纠正这些效应。 我们在这里提出了一个简单而稳健的非线性方法,使用阵列信号分布分析和三次样条进行归一化。这些方法与使用稳健的局部线性回归 (lowess) 的归一化相比有利。与标准全局归一化方法相比,这些方法在寡核苷酸阵列中的应用将重复之间的相对误差减少 5-10%。应用于 cDNA 阵列显示优于标准方法的改进以及优于基于染料交换复制的 Cy3-Cy5 归一化的改进。另外,通过 t 检验,一组已知的差异调节的基因排列更高。在 cDNA 或 Affymetrix 技术中,信号依赖性偏倚比观察到的印刷头或空间效应大十倍以上。 强度依赖性归一化对于高密度寡核苷酸阵列和 cDNA 阵列数据非常重要。当针对复制阵列的变异性进行评估时,这里描述的基于回归和样条的方法比现有的线性方法表现更好。Cy3-Cy5 归一化的染料交换归一化效果不如单独基于回归或样条的方法。

 

R.M.Berka;J. Hahn;I. Draskovic;M. Persuh;X. Cui;A. Sloma;W. Widner;D. Dubnau。
“枯草芽孢杆菌 K-状态的微阵列分析:由 ComK 诱导的全基因组表达改变” 
《分子微生物学 (Mol.Microbiol.)》,43,1331-1345 (2002)

摘要

在枯草芽孢杆菌中,能力转录因子 ComK 激活其自身的转录以及编码 DNA 转运蛋白的基因的转录。生长到有能力的培养物中大约 10% 的细胞存在 ComK 表达。使用代表枯草芽孢杆菌中 95% 蛋白质编码开放读码框架的 DNA 微阵列,我们比较了野生型和 comK 菌株以及 mecA 突变体(其在所有细胞群中产生活性 ComK)和一个 comK mecA 双重突变体的表达谱。在这些比较中,我们识别了至少 165 个由 ComK 上调的基因,而相对较少的基因被下调。报道基因融合的使用已经证实了几个基因的这些结果。许多 ComK 调节的基因以簇或操纵子的形式组织,其中 23 个簇前面有表观 ComK-box 启动子基序。除了 DNA 摄取所需的基因之外,在存在 ComK 的情况下上调的其他基因可能参与 DNA 修复以及营养来源的摄取和利用。根据本次和以前的工作,我们得出结论:ComK 调节子定义了一个增长停滞的状态,不同于孢子形成中,遗传转化的能力是唯一的显著特征。我们认为这是对压力的一种独特适应,称其为“K-状态”。

 

H. Jarmer;R. Berka;S. Knudsen;H.H. Saxild。
“转录组分析文件在氮限制条件下诱导枯草芽孢杆菌的能力。”
《FEMS 微生物学信函 (FEMS Microbiol.Lett.)》,第 206 卷,197-200 (2002)

摘要

比较氮限制(谷氨酸)和氮过剩(铵加谷氨酸)生长条件时,使用 DNA 微阵列分析枯草芽孢杆菌菌株 168 中基因表达的变化。在氮饥饿期间显著诱导的超过 100 个基因中,我们随 recA 一起检测到 comG、comF、comE、nin-nucA 和 comK 转录单位。在以谷氨酸为唯一氮源的基本培养基中生长的枯草芽孢杆菌中添加 DNA,并且证实细胞具有活性。基于这些观察结果,我们提出简化先前设计的枯草芽孢杆菌菌株 168 的一步转化程序。