Cai, L.、Hyde, K.D.
“在中国淡水栖息地发现的 Ascorhombispora aquatica(新属新种)以及基于分子数据的系统发育定位”
《Cryptogamie, Mycologie》,2007 年,第 28 卷第 4 期,第 291-300 页。

摘要

Ascorhombispora 是一种新发现的真菌属,其特征为:表浅的深褐色到黑色的子囊壳;肿胀的囊状双囊壁子囊;以及具有宽隔带的三隔膜梯形子囊孢子。对这种真菌的 28S rDNA 和 18S rDNA 区域进行扩增和测序。进行系统发育分析以推断该真菌的系统定位。结果表明,Ascorhombispora aquatica 属于格孢腔菌目(座囊菌纲,子囊菌门),与形态学预测相一致。© 2007 Adac.

 

Borchert, M.S.、Nielsen, P.、Graeber, I.、Kaesler, I.、Szewzyk, U.、Pape, T.、Antranikian, G.、Schäfer, T.
“Bacillus plakortidis(新种)和 Bacillus murimartini(新种):芽孢杆菌属 rRNA 6 群的新型耐碱成员”
《国际系统与进化微生物学杂志 (International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology)》,2007年,第 57 卷第 12 期,第 2888-2893 页。

摘要

本文描述了耐碱和耐盐的革兰氏阳性海洋细菌菌株 P203T 以及其系统发育最近的菌株,即陆生分离株 LMG 21005T。P203T 菌株是从挪威海 Sula-Ridge 获得的简易扁板海绵中分离得到的。LMG 21005T 菌株是从德国一个教堂壁画中分离出来的一种新菌株。P203T 和 LMG 21005T 菌株均被鉴定为芽孢杆菌属 rRNA 6 群的新型耐碱成员,其 16S rRNA 基因序列具有 99.5% 的相似性。关系最密切的邻近菌株是吉氏芽孢杆菌 DSM 8722T,显示与 P203T 有 99.0% 的基因序列相似性,与 LMG 21005T 菌株有 98.8% 的相似性。尽管 16S rRNA 基因序列具有高度相似性,但 DNA-DNA 交叉杂交结果显示三种菌株之间只有 25.8-34.1% 的相似性。P203T 和 LMG 21005T 菌株的 DNA G + C 含量分别为 41.1 mol% 和 39.6 mol%。两种菌株在 pH 7 和 pH 11 之间均生长良好。P203T 菌株能够在中等温度(从 4 到 30 °C)和 pH 9.7 下在浓度高达 12% (w/v) 的 NaCl 内生长,而 LMG 21005T 菌株不耐盐(高达 4% NaCl),在 4 °C 下未观察到生长。菌株 P203T、LMG 21005T 和吉氏芽孢杆菌模式菌株的主要脂肪酸为 iso-C15:0(分别为 19.8%、15.6% 和 28.0%)和 anteiso-C15:0(分别为 57.1%、48.6% 和 45.2%)饱和末端甲基支链化合物。生理学和生物化学试验能够对菌株 P203T 和 LMG 21005T 与六种具有有效公布名称的相关芽孢杆菌属进行基因型和表型鉴别,从而支持 Bacillus plakortidis [模式菌株 P203T (= DSM 19153T = NCIMB 14288T)] 和 Bacillus murimartini [模式菌株 LMG 21005T (= NCIMB 14102T)] 是两种新种的提议。© 2007 IUMS。

 

Cai, L.、Hyde, K.D.
“在中国淡水栖息地发现的无性型真菌:Dictyosporium tetrasporum 和 Exserticlava yunnanensis(新种)以及 Pseudofuscophialis lignicola 和 Pseudobotrytis terrestris 的两个新记录。”
《真菌科学 (Mycoscience)》,2007 年,第 48 卷,第 5 期,第 290-296 页。

摘要

本文基于形态特征对两种在淡水栖息地发现的新型无性型真菌 Dictyosporium tetrasporum(新种)和 Exserticlava yunnanensis(新种)进行了描述。使用光学显微照片对这两个菌种进行图示说明,并与类似的分类单元进行比较。Pseudofuscophialis lignicola 和 Pseudobotrytis terrestris 被报道为淡水栖息地的新记录。© 2007 日本真菌学学会和 Springer-Verlag。

 

Zhao, G.、Liu, X.、Wu, W.
“中国的卷旋孢子丝孢菌”
《真菌多样性 (Fungal Diversity)》,2007 年,第 26 卷第 2 期,第 313-524 页。

摘要

根据观察在中国采集的标本,对具有卷旋孢子的无性型真菌分类单元(卷旋孢子真菌)进行了形态学研究,并与文献描述进行了比较。通过对 300 多个新鲜采集标本和 100 个植物标本进行的检测,我们得出结论,中国大陆目前已知有 14 个属的 71 种卷旋孢子真菌,其中新种 9 个,新组合 2 个。新种为 Helicomyces denticulatus G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Helicosporium dentophorum G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Helicosporium sympodiophorum G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Helicoma hainanense G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Helicoma hyalonema G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Helicoma latifilum G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Helicoma scarabaeiforme G.Z.Zhao;Xenosporium latisporum G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Xenosporium ovatum G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu。新组合为 Helicoma fumosum (P. Karst.)G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu;Helicofilia irregularis (P.M.Kirk) G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu。基于文献回顾介绍了另外三个新组合: Helicoma casuarinae (Matsush.)G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu、Helicoma hyalospora (Rao & D. Rao) G.Z.Zhao、X.Z.Liu 和 W.P.Wu 和 Slimacomyces isiola (R.T.Moore) G. Z. Zhao,以及一个新名称:Helicoma palmarum G.Z.Zhao、Xing Z. Liu 和 W.P.Wu。对所有菌种进行了描述、图示说明和讨论。提供了大多数卷旋孢子真菌属的诊断特征和关键点。Drepanospora 被视为 Helicosporium 和 Troposporella 的同义词,Helicosporina 被视为 Helicoma 的同义词。发现了没有次生分生孢子的第三组 Xenosporium,并且对该组的四个新种进行了描述。有几个标本不能用于研究,被列为可疑记录。

 

Duan, J.、Wu, W.、Liu, X.Z.
"刺杯毛孢属(腔孢纲)"
《真菌多样性 (Fungal Diversity)》,2007 年,第 26 卷第 1 期,第 205-218 页。

摘要

本文描述了刺杯毛孢属的七个菌种并提供了图示说明,包括 Dinemasporium asetulum(新种)、D. fusiforme(新种)、D. ligongense(新种)、D. sinense(新种)和 D. neottiosporioides (Agnihothr.)(新组合)。同时提供了鉴定该属菌种的关键点。所有描述的新菌种的模式标本都保存在Novozymes 中国公司的吴文平植物标本库中。

 

Duan, J.、Liu, X.、Wu, W.
“将 Coleophoma oleae 恢复至 Coleonaema 属以及对 Coleophoma 的注释”
《真菌多样性 (Fungal Diversity)》,2007 年,第 26 卷第 1 期,第 187-204 页。

摘要

在 Coleophoma 属目前公认的菌种中,载孢体和侧丝的发育有两种类型。在两种情况下,原始细胞群都由表皮菌丝体聚集形成,然后上层细胞向上生长并变成隔膜。随后的发育有所不同。在 C. crateriformis(模式菌种)、C. empetri、C. cylindrospora、C. aesculi、C. fusiformis 和 C. prunicola(新种)中,那些仅在基部有隔膜、透明到极浅棕色并且向上生长的菌丝是从载孢体原始细胞群的上层发育而来的。这些菌丝的顶端细胞是透明、拉长和肿胀的,并且带有游离的顶端。它们发育成可持续很长时间的侧丝,即使在成熟的载孢体中也能看到。在第二组中,只含有 C. oleae 和两个未命名的集合,向上生长的菌丝为苍白到深棕色,带有隔膜和分枝,并在顶端吻合。它们在载孢体成熟之前就瓦解了,所以没有发育为侧丝。基于这些差异,Coleophoma oleae 被重新分配到 Coleonaema 属。我们还描述了 Coleophoma prunicola(新种)并且在该属中首次报告了小分生孢子形成。

 

Derekova, A.、Sjøholm, C.、Mandeva, R.、Kambourova, M.
“努比卤地无氧芽孢杆菌 (Anoxybacillus rupiensis)(新种):从保加利亚 Rupi 盆地分离出的一种新型嗜热细菌。”
《极端微生物 (Extremophiles)》,2007 年,第 11 卷第 4 期,第 577-583 页。

摘要

在保加利亚 Rupi 盆地的三个温泉中分离出三株能够产生淀粉分解酶的新型、嗜热、严格需氧、革兰氏阳性、孢子形成性、血液-器官营养细菌。它们的 16S rRNA 基因序列(前 500 个核苷酸)非常相似 (99.8%)。这些菌株能够发酵多种碳水化合物,例如糖、多羟基化合物以及木聚糖、糖原和淀粉等多糖。在温度为 55-58°C 和 pH 在 6.0-6.5 下观察到最佳的生长。整个 16S rRNA 基因序列的系统发育分析显示,菌株 R270T 与厌氧芽孢杆菌属的代表以及喜温地芽孢杆菌聚类在​​一起。基因组 DNA 的 G + C 含量为 41.7%。DNA-DNA 杂交分析揭示了与最近亲属的低同源性,与喜温地芽孢杆菌的同源性为 32.0 mol%。脂肪酸特征(主要脂肪酸为 iso-C15:0 和 iso-C17:0)证实该菌株属于厌氧芽孢杆菌属。根据本文提供的数据,我们提出菌株 R270T 是厌氧芽孢杆菌属的一种新菌种,并建议命名为努比卤地无氧芽孢杆菌 (Anoxybacillus rupiensis)(新种)(=DSM 17127T = NBIMCC 8387T)。已经将菌株 R270T 的 16S rRNA 基因序列数据保存在 EMBL 数据库中,登记号为 AJ879076。© 2007 Springer.

 

Cai, L.、Hyde, K.D.
“从中国淡水栖息地采集的 Clohiesia 属和 Paraniesslia 属的新菌种”
《Mycoscience (真菌科学)》,2007 年,第 48 卷第 3 期,第 182-186 页。

摘要

从沉水木质碎屑中收集到的两种真菌被发现代表着子囊菌 Clohiesia 属和 Paraniesslia 属迄今未描述过的新菌种。基于形态特征,它们被命名为 Clohiesia curvispora(新种)和 Paraniesslia aquatica(新种)。Clohiesia curvispora 的特征是沉浸在盾状体下面的子囊果以及包含弯曲长梭状单细胞子囊孢子的单囊壁圆柱形子囊。Paraniesslia aquatica 的特征是小的表浅性多刚毛子囊果,以及包含疣状棕色子囊孢子的单囊壁棒状子囊。在本文中,每个菌种都用光学显微照片进行图示说明,并与类似的分类单元进行了比较。© 2007 日本真菌学学会和 Springer-Verlag。

 

Liu, X.Y.、Xie, X.G.、Duan, J.X.
“刺盘孢属 yunnanense(新种):一种来自黄杨属的新内生菌种”
《Mycotaxon》,2007 年,第 100 卷,第 137-144 页。

摘要

我们在研究木本植物的内生真菌过程中分离出一种有趣的刺盘孢属菌种。形态特征,例如生长缓慢、圆柱形的大分生孢子、不规则分叶状的附着胞,以及基于核 rDNA 序列的系统发育分析表明,这种真菌代表了一个独特的新种,命名为刺盘孢属 yunnanense。本文对该菌种进行了描述和图示说明。

 

Zhang, M.、Zhang, T.-Y.、Wu, W.-P.
“中国蠕孢属分类学研究 III:广东省的三个新物种”
《Mycotaxon》,2007 年,第 99 卷,第 137-142 页。

摘要

本文报道了蠕孢属的三个新物种。它们分别是蠕孢属 multiseptatum、蠕孢属 subhyalinum 和蠕孢属 constrictum。模式标本保存于山东农业大学植物病理学标本室 (HSAUP)。

 

De Maré, L.、Cimander, C.、Elfwing, A.、Hagander, P.
“要求丰富环境的大肠杆菌发酵的饲喂策略”
《生物工艺和生物系统工程 (Bioprocess and Biosystems Engineering)》,2007 年,第 30 卷第 1 期,第 13-25 页。

摘要

在补料分批培养中添加碳营养素通常不足以获得令人满意的生长和/或产量。在一些情况下需要额外的饲料,例如补充氨基酸或复合培养基。本文介绍了几种需要超过一种饲料并且对生长要求了解不足的饲喂策略的开发。使用基于探索控制概念的拟定进料控制器来显示大肠杆菌的模拟和培养。这些策略效果良好,可以用来大大缩短工艺开发阶段。© Springer-Verlag 2006。

 

Shenoy, B.D.、Jeewon, R.、Wu, W.P.、Bhat, D.J.、Hyde, K.D.
“核糖体和 RPB2 DNA 序列分析表明,孢子体和形态上类似菌属是多系的”
《真菌研究 (Mycological Research)》,第 110 卷第 8 期,第 916-928 页。(2006)

摘要

孢子体和形态上相似的暗色丝孢属,其特征为在增殖或非增殖分生孢子梗上产生的全息性丝孢菌粘附物。它们包括许多从广义孢子体分类分离的无性(变形)属,并且在具有无性孢子分裂方面是相似的。但是,这些普遍存在的无性真菌分类和其与已知子囊菌的亲和力仍然是模糊的。本研究结合基于 LSU nu-rDNA 和 RNA 聚合酶 II 第二大亚基 (RPB2) 基因序列的进化研究来评估爱氏霉属、林氏霉属、层出孢属、类葚孢属、葚孢属和休氏霉属可能的家族位置,并证明变形特性是否是适当的进化指标。种系发生提供了确凿的证据,表明葚孢属不是单系性的,并且菌株在两种主要的子囊菌类(座囊菌纲和粪壳菌纲)中进行了进化分布。目前在其分类中使用的形态已经经历了趋同进化,并且在进化方面不可靠。根据形态学和分子数据讨论了这些变形属的可能拟态亲和力。由于在大多数情况下这些无性型是唯一已知的全形态,所以提出在不存在或未检测到它们的拟态期时,无性型名称应该用于全形态。© 2006 英国真菌学会。

 

Derekova, A.、Sjøholm, C.、Mandeva, R.、Michailova, L.、Kambourova, M.
“嗜热脂肪土芽孢杆菌 98 的新分离和表征的菌株生物合成热稳定结冷胶裂合酶”
《极端微生物 (Extremophiles)》,第 10 卷第 4 期,第 321-326 页。(2006)

摘要

能够降解结冷胶的嗜热菌株是从保加利亚温泉中分离出来的。根据其形态和生化特性及其 16S rDNA 部分测序,将其分为嗜热脂肪土芽孢杆菌。在合成培养基中生长,以结冷胶为唯一碳源,比生长速率为 0.69 小时-1,生长时间为 60 分钟。该菌株在指数期细胞外产生热稳定的结冷胶裂合酶。其合成是可诱导的;不含结冷胶的培养液中不记录酶。与分批发酵的数据相比,在连续培养的条件下酶活性增加了 10 倍,酶生产率几乎高出 6 倍。该酶在 75℃ 极大的 pH 范围 4-8.5 中显示出最佳活性。该酶是首次报告的热稳定型结冷胶裂合酶,其在 60°C 下孵育 24 小时后的残留活性为 100%,其半衰期为 70°C 下 60 分钟。© Springer-Verlag 2006。

 

Holtze, M.S.、Nielsen, P.、Ekelund, F.、Rasmussen, L.D.、Johnsen, K.
“汞对土壤中可培养的假单胞菌分布存在影响”
《应用土壤生态学 (Applied Soil Ecology)》,第 31 卷第 3 期,第 228-238 页。(2006)

摘要

在 Gould's S1 琼脂上添加 0、3.5 和 15 mg Hg(II) kg 土壤-1 的 52 天期间分离的假单胞菌细菌表征了汞是否对其产生不同影响。使用 FT-IR 表征和随后的代表性分离株的 16S rDNA 部分测序来表征经 0 和 15 mg Hg kg-1 处理的分离株。为了验证 Gould's S1 琼脂的选择性和 FT-IR 表征,对所有 450 个分离株进行如下测试:革兰氏染色,过氧化氢酶和氧化酶活性,PDA 上的色素产生和不同温度下的生长。此外,分离株在琼脂上生长的能力经 10 mg Hg kg-1 修正进行检测,作为耐汞性的指标。我们发现,利用 15 mg Hg kg-1 修正的土壤中,高达 80% 的分离株具有耐汞性,而在 0 和 3.5 mg Hg kg-1 处理的土壤中,高达 20% 的分离株具有抗性。我们发现了两组假单胞菌,它们可能代表了未描述的菌株,因为它们未与树状图中任何已知的假单胞菌种紧密组合。Hg-增强分离株与弗雷德里克斯堡假单胞菌密切相关。此外,Hg 抗性几乎仅限于弗雷德里克斯堡假单胞菌和米氏假单胞菌组。我们得出结论:汞导致可培养假单胞菌的优势菌株的转变。© 2005 Elsevier B.V. 保留所有权利。

 

Zhao, G.Z.、Wu, W.P.、Liu, B.、Liu, X.Z.
“缺乏次级分生孢子的两种新蠕形分生孢子真菌(丝孢菌)”
《孢子植物学杂志 (Nova Hedwigia)》,第 82 卷第 1-2 期,第 127-134 页。(2006)

摘要

中国报告的两种以前未知的丝孢菌属,可归属于蠕形分生孢子真菌属。在腐朽木材上发现的 helicominum 小异孢和在竹子上发现的 tibetanum 小异孢产生该属的分生孢子,但是缺乏在大多数菌株中发现的次级分生孢子。根据分生孢子的曲率将小异孢属分为两个形态组。现在需要第三组来容纳缺乏次级分生孢子的菌株。这个组包括 latisporum 小异孢、helicominum 小异孢、tibetanum 小异孢和 ovatum 小异孢。提供了这四种菌株的诊断特征。这两种新菌株的标本分别存放在 Novozymes 中国公司吴博士的菌物标本馆和中国科学院微生物研究所的菌物标本馆 (HMAS)。© 2006 J. Cramer in der Gebrüder Borntraeger Verlagsbuchhandlung.

 

Lydolph, M.C.、Jacobsen, J.、Arctander, P.、Gilbert, M.T.P.、Gilichinsky, D.A.、Hansen, A.J.、Willerslev, E.、Lange, L.
“从冰冻保存的真菌 DNA 中推断的白令陆桥古生态学”
《应用与环境微生物学 (Applied and Environmental Microbiology)》,第 71 卷第 2 期,第 1012-1017 页。(2005)

摘要

通过不同环境 18S rRNA 基因的独立培养 PCR 扩增,研究了西伯利亚东北部的永久冻土中真菌的多样性。在钻井、取样和扩增过程中采用详尽的方案以避免污染。包括各种真菌、植物和无脊椎动物序列在内的 510 bp 长的真核生物 DNA 序列的广泛多样性可以从 300,000 到 400,000 岁的样品中重复获得。该序列显示古代真菌群落包括多种冷适应酵母、暗色素真菌、植物寄生真菌和地衣共生菌。现代苔原样品中与树木相关的大型真菌的 DNA 痕迹表明,在最后一个冰河期之后,真菌多样性发生了变化,并支持最近的结果,显示在此期间西伯利亚东北部地区的植物组成发生了巨大变化。有趣的是,与喜粪菌和喜角质菌序列具有高度同源性的 DNA 序列表明,粪便,毛发、皮肤和指甲可能是最近报告存在于少量西伯利亚永久冻土沉积物中的古代大型动物 DNA 的来源。

 

De Lipthay, J.R.、Johnsen, K.、Albrechtsen, H.-J.、Rosenberg, P.、Aamand, J.
“暴露于实际低浓度除草剂的地下含水层的细菌多样性和群落结构”
《欧洲微生物学会联合会微生物生态学 (FEMS Microbiology Ecology)》,第 49 卷第 1 期,第 59-69 页。(2004)

摘要

在我们的地下水环境中发现越来越多的除草剂。这就强调了需要检查除草剂暴露对本土地下水微生物群落的影响,因为微生物降解是完全去除大多数污染物的主要过程。我们研究了实际低浓度除草剂的原位暴露对在 Vejen(丹麦)附近浅层含水层地下沉积物的微生物多样性和群落结构的影响。进行了三种不同的群落分析:菌落形态分型,Biolog®EcoPlates 中的唯一碳源利用和变性梯度凝胶电泳。群集分析表明,适应除草剂暴露的含水层沉积物微生物群落也具有相似的群落结构。这三个群落分析的观察结果是一致的。相比之下,除了在除草剂适应的沉积物中发现丰度和 Shannon 指数显着增加的可培养部分以外,未发现对细菌多样性的显著影响。本研究的结果表明,尽管不能检测到对遗传多样性和碳基质使用的显著影响,但是地下含水层原位暴露于实际低浓度除草剂可能会改变天然细菌群落的总体结构。观察到的影响可能是由于间接影响所致。因此,在未来的研究中,推荐增加专门检测相关微生物亚群和功能性基因的方法。© 2004 Federation of European Microbiological Societies.Elsevier B.V. 出版。保留所有权利。

 

Huber, I.、Spanggaard, B.、Appel, K.F.、Rossen, L.、Nielsen, T.、Gram, L.
“虹鳟鱼肠道微生物群落的系统发育分析及原位识别”
《应用微生物学杂志 (Journal of Applied Microbiology)》,第 96 卷第 1 期,第 117-132 页。(2004)

摘要

目的:识别虹鳟鱼肠道的优势可培养和不可培养的微生物群。方法和结果:通过显微镜直接计数(4',6 -联脒-2-苯基吲哚,DAPI)和通过在胰蛋白胨大豆琼脂 (TSA) 上培养估计虹鳟鱼肠道的微生物密度。使用对肠样品的细菌 DNA 进行差异梯度凝胶电泳分析,再扩增条带和序列分析来识别主导样品的细菌,其中好氧计数 ≤ DAPI 计数的 2%。识别了 146 株细菌分离株的 16S rDNA 基因序列和 3 株未培养细菌的序列。构建了一组寡核苷酸探针,通过荧光原位杂交 (FISH) 技术检测和计算虹鳟鱼胃肠道细菌群结构。变形菌门(主要是气单胞菌和肠杆菌科)的 γ 亚类的成员主导细菌群结构。不动杆菌属、假单胞菌属、希瓦氏菌属、邻单胞菌属和变形杆菌也与属于变形菌门和革兰氏阳性菌属的 β 亚类的分离株(含较高和较低含量的 DNA G + C)一起识别。在大多数样品中,好氧计数(在 TSA 上)是直接计数 (DAPI) 的 50-90%。在好氧计数 ≤ 直接计数 (DAPI) 2% 的肠样品中,检测到代表先前未知进化谱系的细菌,其与 Anaerofilum pentosovorans 具有仅 89% 的 16S rRNA 基因序列相似性。样本中 10%-75% 的微生物群落在低好氧计数条件下进行杂交 (FISH),构建针对这种尚未培养的细菌的探针。​结论:属于 γ 亚类的变形杆菌主导虹鳟鱼肠道微生物群。然而,在一些样品中,微生物群落主要是未培养的推测厌氧微生物。虹鳟鱼肠道的细菌群结构,以及细菌总计数,因鱼类而异。研究的意义和影响:培养结果与原位分析之间具有良好的相关性,然而,分子学方法对识别 TSA 上未培养的生物体方面至关重要。