Prasad, A.K.、Kalra, N.、Yadav, Y.、Singh, S.K.、Sharma, S.K.、Patkar, S.、Lange, L.、Olsen, C.E.、Wengel, J.、Parmar, V.S.
“对呋喃糖三酯的选择性生物催化脱酰化研究:一种新颖且高效的双环核苷方法”
《有机与生物分子化学 (Organic and Biomolecular Chemistry)》,第 5 卷第 21 期,第 3524-3530 页。(2007)

摘要

Lipozyme® TL IM 以高度选择性和高效的方式催化 4-C-酰氧基甲基-3,5-二-O-酰基-1,2-O-(1-甲基亚乙基)-β-l-苏-呋喃戊糖的脱酰化生成 3,5-二-O-酰基-4-C-羟甲基-1,2-O-(1-甲基亚乙基)-α-d-木代-呋喃戊糖。三丁酰呋喃糖的脂肪酶催化脱酰基化速率比三乙酰呋喃糖衍生物的脱酰化速率快 2.3 倍。为了确认脂肪酶催化的脱酰基化产物结构,将其转化为双环糖衍生物,其可用于新型反义和反基因寡核苷酸开发中重要的双环核苷合成。此外,已经确定脂肪酶催化反应的单羟基产物是底物中 4-C-酰氧基甲基官能团的选择性脱酰化而不是任何酰基迁移过程的结果。© The Royal Society of Chemistry。

 

Pernille Tofteng, A.、Hansen, T.H.、Brask, J.、Nielsen, J.、Thulstrup, P.W.、Jensen, K.J.
“功能化从头设计的 8 - 16 kDa 模型蛋白质针对金属离子结合和酯酶活性的合成”
《有机与生物分子化学 (Organic and Biomolecular Chemistry)》,第 5 卷第 14 期,第 2225-2233 页。(2007)

摘要

蛋白质的从头设计和全化学合成为生物学和生物物理学研究提供了强大的方法,能够制备具有定制性质的人造蛋白质,这对生物物理学研究、材料科学、纳米生物学和分子探针具有潜在的重要性。在本文中,以前开发的碳水化合物作为模板这一概念用于称为“卡宾蛋白”的模型蛋白(人造螺旋束)的从头设计。4-α-螺旋束是大分子结构,其中四个两亲 α-螺旋肽链形成疏水核心。此处这个结构被修饰以实现金属离子结合和催化活性。我们报告:(i) 来自不同四价碳水化合物模板的定向作用测试,(ii) 用苯酚、吡啶基或咪唑基部分官能化的卡宾蛋白合成和评价,作为用于金属离子结合以及催化的潜在配体。我们的研究结果包括:(i) 支持我们之前“有争议的”结果,即对于一些卡宾蛋白,α-螺旋度的程度取决于模板,也就是在一定程度上存在模板的控制作用,(ii) 通过电喷雾电离-飞行时间质谱 (ESI-TOF-MS)、UV-VIS 吸收光谱和尺寸排阻色谱-电感耦合等离子体质谱 (SEC-ICP-MS) 证明 Cu(ii) 与四官能卡宾蛋白的结合;(iii) 酯酶活性的动力学研究。© The Royal Society of Chemistry。

 

Prasad, A.K.、Kalra, N.、Yadav, Y.、Kumar, R.、Sharma, S.K.、Patkar, S.、Lange, L.、Wengel, J.、Parmar, V.S.
“对使用固定化脂肪酶的呋喃糖三酯脱酰研究:合成双环核苷的关键前体”
《化学通讯 (Chemical Communications)》,(25),第 2616-2617 页。(2007)

摘要

固定于二氧化硅上的 Lipozyme® TL IM 以高度选择性和高效的方式催化 4-C-酰氧基甲基-3,5-二-O-酰基-1,2-O-(1-甲基亚乙基)-β-l-苏-呋喃戊糖的脱酰化生成 3,5-二-O-酰基-4-C-羟甲基-1,2-O-(1-甲基亚乙基)-α-d-木代-呋喃戊糖。© The Royal Society of Chemistry。

 

Larsen, T.O.、Lange, L.、Schnorr, K.、Stender, S.、Frisvad, J.C.
“Solistatinol:一种来自离生青霉的新型酚类美伐他汀类似物”
《四面体通讯 (Tetrahedron Letters)》,第 48 卷第 7 期,第 1261-1264 页。(2007)

摘要

作为一种新型酚类美伐他汀类似物,Solistatinol 采用紫外引导战略从离生青霉中分离得出。结构和相对立体化学通过核磁共振 (NMR) 光谱和质谱确定。通过化学降解和 CD 数据与文献数据的比较确定了绝对立体化学。© 2006 Elsevier Ltd. 保留所有权利。

 

Coward-Kelly, G.、Chen, R.R.
“进入生物催化和生物转化的窗口”
《生物技术进展 (Biotechnology Progress)》,第 23 卷第 1 期,第 52-54 页。(2007)

摘要

在第 232 届 ACS 全国会议上,今年的“生物催化研究进展”研讨会上发表了八篇论文,强调了生物催化领域的最新进展。来自工业界和学术界的研究人员正在解决生物催化中的几个基本问题,包括可以大批量提供的有限数量的市售酶,在非水环境中有限的酶稳定性和活性以及全细胞系统中的渗透性问题和细胞定位问题。从这八次会谈中可以看出的趋势是注入新的工具和技术来解决生物催化面临的各种挑战。纳米技术、生物信息学、细胞膜工程和代谢工程(用于工程全细胞催化剂)和蛋白质工程(用于改善酶和创造新型酶)在研究实验室中变得越来越常用,并且为生物催化问题提供了令人满意的解决方案。本次研讨会强调了从发现到工业应用的生物催化各个方面的重大进展。© 2007 美国化学学会和美国化学工程师学会。

 

Brennan, J.L.、Hatzakis, N.S.、Tshikhudo, T.R.、Dirvianskyte, N.、Razumas, V.、Patkar, S.、Vind, J.、Svendsen, A.、Nolte, R.J.M.、Rowan, A.E.、Brust, M.
“通过点击化学的生物纳米结合:脂肪酶和金纳米颗粒的功能杂合体形成”
《生物共轭化学 (Bioconjugate Chemistry)》,第 17 卷第 6 期,第 1373-1375 页。(2006)

摘要

已经开发了一种使用“点击”化学制备功能性酶-金纳米颗粒结合物的简单通用方法。在铜催化的 1,2,3-三唑环加成反应中,乙炔官能化的疏棉状嗜热丝孢菌脂肪酶已经与保留酶活性的叠氮官能化的水溶性金纳米颗粒连接。通过凝胶电泳疗法和荧光脂肪酶活性试验来表征产物。据估计,大约七个完全活性的脂肪酶分子的等价物附着在每个纳米颗粒上。© 2006 美国化学学会。

 

Prasad, A.K.、Mukherjee, C.、Sharma, D.、Rastogi, S.、Mangalam, A.、Jha, A.、Olsen, C.E.、Patkar, S.A.、Parmar, V.S.
“新型 (±)-2-(2-乙酰氧乙基)-4-芳甲基-3-氧代-3,4-二氢-2H-1,4-苯并恶嗪-6-羧酸酯的合成和脂肪酶催化拆分研究”
《分子催化杂志 B:酶 (Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic)》,第 40 卷第 3-4 期,第 101-110 页。(2006)

摘要

已经合成了五种新型甲基 (±)-2-(2-乙酰氧乙基)-4-芳甲基-3-氧代-3,4-二氢-2H-1,4-苯并恶嗪-6-羧酸酯,并通过在所研究的分子中存在的乙酰氧乙基基团的立体选择性脱乙酰化进行其脂肪酶催化拆分。已经观察到在 THF 中的 Novozyme®-435 高效地催化了这些乙酰氧乙基二氢苯并恶嗪的对映体选择性脱乙酰化,促使形成光学富集的甲基 (+)-4-芳甲基-2-(2-羟乙基)-3-氧代-3,4-二氢-2H-1,4-苯并恶嗪-6-羧酸酯。发现生物催化反应是对映体选择性的化学选择性,因为脂肪酶专门催化从分子中的醇羟基基团衍生的酯官能团的酯化反应,而不是从芳族羧酸基团衍生的酯官能团的酯化反应。© 2006 Elsevier B.V. 保留所有权利。

 

Jensen, K.J.、Brask, J.
“肽和蛋白质设计中的碳水化合物”
《生物聚合物 - 肽科学卷 (Biopolymers - Peptide Science Section)》,第 80 卷第 6 期,第 747-761 页。(2005)

摘要

单糖和氨基酸是自然界聚合物组装的基本组成部分。它们具有不同的结构方面,并且在很大程度上具有不同的功能组。低聚反应分别产生寡糖和肽。虽然可以在自然界中发现碳水化合物和肽联合,例如在糖肽中,但是本文的目的是使用碳水化合物,特别是单糖和环状寡糖来彻底重新设计肽结构以产生新型肽、肽模拟物和非生物蛋白质。这些杂合分子嵌合体具有主要由碳水化合物的结构特征与肽的官能团多样性组合所产生的性质。该领域包括从头设计的合成糖肽、糖(碳水化合物)氨基酸、用于环肽的非肽模拟肽的碳水化合物支架、环糊精官能化的肽和碳水化合物,即基于碳水化合物的蛋白模拟物。这些成功的应用证明了碳水化合物在肽和蛋白质结构中的一般用途。© 2005 Wiley Periodicals, Inc.

 

Sharma, A.K.、Kumar, R.、Canteenwala, T.C.、Parmar, V.S.、Patkar, S.、Kumar, J.、Watterson, A.C.
“基于聚(乙二醇) 及不饱和甲酯的共聚物的生物催化合成与表征”
《高分子科学期刊 (Journal of Macromolecular Science)》- 理论化学与应用化学,第 42 A 卷第 11 期,第 1515-1521 页。(2005)

摘要

已证明生物催化有机合成是聚合物合成领域的重大突破。环保的方法论与温和反应条件的使用是该方法的特点。在无溶剂条件下,通过使用 Novozyme435(固定南极假丝酵母脂肪酶 B)催化富马酸二甲酯和顺丁烯二酸二甲酯与聚乙二醇 (PEG) 的缩合共聚合作用,我们研究了不饱和聚酯的生物催化合成。在 1 H 和 13 CNMR 谱中研究了所产生聚合物,即聚(乙二醇)共富马酸二甲酯和聚(乙二醇)共顺丁烯二酸二甲酯的结构。聚合物的分子量通过排阻色谱法确定。版权所有 © Taylor & Francis, Inc.

 

Damager, I.、Jensen, M.T.、Olsen, C.E.、Blennow, A.、Møller, B.L.、Svensson, B.、Motawia, M.S.
“双支链麦芽糖的化学合成:α-淀粉酶的潜在底物”
《生物化学 (ChemBioChem)》,第 6 卷第 7 期,第 1224-1233 页。(2005)

摘要

一种通用于高效合成复杂的 α-(1→4)- 和 α-(1→6)-麦芽寡糖的收敛阻断策略,通过首先化学合成麦芽寡糖,即十六糖 6,6″″-双(α-麦芽糖基)-麦芽六糖(具有两个分支点)得以证明。使用这种化学定义的支链寡糖作为底物,研究了七种不同 α-淀粉酶的裂解模式。来自人唾液、猪胰、大麦 α-淀粉酶 2 和重组大麦 α-淀粉酶 1 的 α-淀粉酶均选择性水解十糖。这产生了支链六糖和支链四糖。来自米曲霉、地衣芽孢杆菌和芽孢杆菌属的 α-淀粉酶在两个不同的位点裂解十糖,或者产生两个支链五糖,或者支链六糖和支链四糖。此外,在用麦芽糖极限糊精酶处理、由 6,6″″-双(α-麦芽糖基)-麦芽糖六糖制备的单支链八糖 6-α-麦芽糖基麦芽六糖上测试酶。观察到与对应线性麦芽寡糖底物相似的裂解模式。© 2005 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA.

 

Bywater, R.P.、Poulsen, T.A.、Røgen, P.、Hjorth, P.G.
“使用优化在给定的晶格上选择图以从头生成分子结构”
《化学信息与计算机科学杂志 (Journal of Chemical Information and Computer Sciences)》,第 44 卷第 3 期,第 856-861 页。(2004)

摘要

有机化学中经常出现的问题是生成新的分子结构,这些结构符合一组为了为新生成的结构建立某些所需性质而施加的预定结构约束条件。这方面的一个例子是药效团模型,用于药物化学以指导从头设计或从化合物数据库选择合适的结构。我们在这里提出了一种方法,高效地连接了选定数量的所需原子位置,同时指导出现的分子骨架,以避免被禁止的位置。连接过程发生在晶格上,其单位步长和总体几何形状设计为匹配有机分子的典型结构。我们使用一种优化方法从许多不同的可能图表中进行选择。该方法在一个实例中得到证明,其中提供了与不同蛋白质复合的相同(在这种情况下为刚性)配体的晶体结构。

 

H. J. Deussen;M. Zundel;M. Valdois;S. V. Lehmann;V. Weil V;C. M. Hjort;P.R.Ostergaard;E. Marcussen;S. Ebdrup。
“S-乙基 2-乙氧基-3-(4-羟苯基)丙酸酯的对映选择性酶水解的工艺开发。”
《有机工艺研究与开发 (Organic Process Research and Development)》,第 7 卷第 1 期,82-88 (2003)。

摘要

已经开发了新的生物催化方法,通过对映选择性水解从其外消旋乙酯 rac-2 大规模生产 S-2-乙氧基-3-(4-羟苯基)丙酸 S-1。S-1 是合成 PPARα 和 γ 激动剂,如胰岛素增剂 [NNC 61-0029 ((-)DRF2725)] 的重要组成部分。开发历史包括酶筛选、生物催化和工艺优化,以及扩大到中试工厂。因此,该项目将生物技术和化学技术相结合,成为高度跨学科项目。最终程序在一个 44 公斤的中试规模中成功运行,产率为 43-48%,对映体纯度较高 (98.4-99.6% ee)。

 

O. Kirk;M.W.Christensen。
“来自南极假丝酵母的脂肪酶 - 来自独特来源的独特生物催化剂。”
《有机工艺研究与开发 (Organic Process Research & Development)》,6,446-451 (2002)

摘要

已经表征了来自南极假丝酵母 (CALA) 的 A-脂肪酶的特异性,以进一步阐明生物催化剂的范围。研究发现脂肪酶对各种直链伯醇和羧酸表现出几乎均匀的活性,仅对极短链酸表现出低活性。更有趣的是,发现该酶对位阻醇(包括仲醇和叔醇)的惊人多样性表现出高活性。这些结果表明,CALA 可以独特适用于高度分支底物的转化,对此大多数其他脂肪酶未能显示任何活性。在固定来自相同酵母 (CALB) 的 B-脂肪酶中应用了一种潜在成本效益较高、使用硅基颗粒化的新固定化技术。获得了高度稳定的颗粒,其活性与该酶的市售固定化制剂的活性相当。

 

T.L.Husum;C.T.Jørgensen;M.W.Christensen;O. Kirk.
“环境温度离子液体中的酶催化合成”
《生物催化与生物转化 (Biocatalysis and Biotransformation)》,2001 年,第 19 卷,第 331-338 页。

摘要

本文对三种不同的脂肪酶、一种糖苷酶和一种蛋白酶在离子液体中的活性进行了研究。环境温度离子液体是一类新型的不挥发和不可燃溶剂,因此是一种备受关注的传统有机溶剂替代品。通过监测一种单酯的合成,发现所有脂肪酶在非极性离子液体 1-丁基-3-甲基咪唑六氟磷酸盐 ([bmin][PF6], 1) 中都具有优异的活性和稳定性。此外,发现来自大肠杆菌的 β-半乳糖苷酶和枯草杆菌蛋白酶 Savinase(TM) 在水混溶性离子液体 1-丁基-3-甲基咪唑四氟硼酸盐 ([bmin][BF4], 2) 的 50% 水溶液中显示出的水解活性与在乙醇和乙腈的 50% 水溶液中观察到的活性相当。

 

E.M.Anderson;K.M.Larsson;O. Kirk.
“一种生物催化剂 - 多种应用:南极假丝酵母 B-脂肪酶在有机合成中的用途。”
《生物催化与生物转化 (Biocatalysis and Biotransformation)》,1998 年,第 16 卷,第 181-204 页。

摘要

本文综述了南极假丝酵母 B 组分脂肪酶在有机合成中的应用。已经发现该酶是一种特别高效且稳定的脂肪酶,能够催化多种多样的反应,包括许多不同的区域选择和对映选择性合成。此外,南极假丝酵母 B-脂肪酶是基于活性位点区域的晶体结构和模型预测其特异性的酶的实例。对这种预测结果与实验观测结果进行了比较并且发现了非常密切的相关性。