Cai, L., Hyde, K.D.
Ascorhombispora aquatica gen. et sp. nov. from a freshwater habitat in China, and its phylogenetic placement based on molecular data” (Ascorhombispora aquatica gen. et sp. nov. proveniente de ecosistemas de agua dulce en China y su posición filogenética según datos moleculares)
Cryptogamie, Mycologie, 28 (4), págs. 291-300. (2007)

Resumen

Ascorhombispora es un nuevo género que se caracteriza por ascocarpos periteciales superficiales de color marrón oscuro a negro, ascas bitunicadas e hinchadas en forma de saco, y ascosporas trapezoidales de triple tabique y color marrón oscuro, con una banda septal ancha. Las regiones de ADNr 28S y 18S de este hongo se amplificaron y secuenciaron. Se llevó a cabo un análisis filogenético a fin de determinar la posición sistemática de este hongo. Los resultados muestran que Ascorhombispora aquatica corresponde al orden Pleosporales (Dothidiomycetes, Ascomycota), lo que corrobora la predicción morfológica. © 2007 Adac.

 

Borchert, M.S., Nielsen, P., Graeber, I., Kaesler, I., Szewzyk, U., Pape, T., Antranikian, G., Schäfer, T.
Bacillus plakortidis sp. nov. and Bacillus murimartini sp. nov., novel alkalitolerant members of rRNA group 6” (Bacillus plakortidis sp. nov. y Bacillus murimartini sp. nov., nuevos miembros alcalotolerantes del grupo de ARNr 6)
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 57 (12), págs. 2888-2893. (2007)

Resumen

La cepa P203T de la bacteria marina alcalotolerante, halotolerante y grampositiva se describe junto con su vecina filogenética más cercano, la cepa terrestre LMG 21005T. La cepa P203T se aisló de material proveniente de la esponja Plakortis simplex, que se obtuvo en el arrecife de Sula, en el mar de Noruega. La cepa LMG 21005T era una cepa sin descripción que se aisló de un mural de iglesia en Alemania. Las cepas P203T y LMG 21005T se identificaron como nuevos miembros alcalotolerantes del grupo de ARNr 6 del género Bacillus con una similitud de la secuencia del gen ARNr 16S del 99,5 %. El vecino más cercano descrito, la cepa DSM 8722T de Bacillus gibsonii, presentó una similitud de la secuencia del gen del 99,0 % con la cepa P203T y del 98,8 % con la cepa LMG 21005T. A pesar del alto grado de similitud de la secuencia del gen ARNr 16S, la hibridación cruzada ADN-ADN reveló una similitud de solo el 25,8 al 34,1 % entre las tres cepas. El contenido G+C de ADN fue del 41,1 % molar en el caso de la cepa P203T y del 39,6 % molar en el caso de la cepa LMG 21005T. Ambas cepas crecieron bien con un pH de entre 7 y 11. La cepa P203T creció a temperaturas moderadas (de 4 a 30 °C) y en presencia de hasta 12 % (m/v) de NaCl con un pH de 9.7, mientras que la cepa LMG 21005T no resultó halotolerante (hasta 4 % de NaCl) y no se observó crecimiento a 4 °C. Los principales ácidos grasos de las cepas P203T, LMG 21005T y de la cepa tipo de B. gibsonii fueron los compuestos saturados y ramificados con grupos metilo terminales iso-C15:0 (19,8, 15,6 y 28,0 %, respectivamente) y anteiso-C15:0 (57,1, 48,6 y 45,2 %, respectivamente). Los análisis fisiológicos y bioquímicos permitieron la diferenciación genotípica y fenotípica de las cepas P203T y LMG 21005T de las seis especies de Bacillus relacionadas con nombres publicados legítimamente y respaldaron la propuesta de dos especies nuevas, Bacillus plakortidis [cepa tipo P203T (=DSM 19153T=NCIMB 14288T)] y Bacillus murimartini [cepa tipo LMG 21005T (=NCIMB 14102T)]. © 2007 IUMS.

 

Cai, L., Hyde, K.D.
“Anamorphic fungi from freshwater habitats in China: Dictyosporium tetrasporum and Exserticlava yunnanensis spp. nov., and two new records for Pseudofuscophialis lignicola and Pseudobotrytis terrestris” (Hongos anamorfos de ecosistemas de agua dulce en China: Dictyosporium tetrasporum y Exserticlava yunnanensis spp. nov., y dos registros nuevos de Pseudofuscophialis lignicola y Pseudobotrytis terrestris)
Mycoscience, 48 (5), págs. 290-296. (2007)

Resumen

En este artículo se describen dos nuevos hongos anamorfos provenientes de ecosistemas de agua dulce, Dictyosporium tetrasporum sp. nov. y Exserticlava yunnanensis sp. nov., según sus características morfológicas. Ambas especies se ilustran con micrografías ópticas y se comparan con taxones similares. Pseudofuscophialis lignicola y Pseudobotrytis terrestris se notifican como registros nuevos de ecosistemas de agua dulce. © 2007 The Mycological Society of Japan and Springer-Verlag.

 

Zhao, G., Liu, X., Wu, W.
“Helicosporous hyphomycetes from China” (Helicosporous hyphomycetes de China)
Fungal Diversity, 26 II, págs. 313-524. (2007)

Resumen

Se llevaron a cabo estudios morfológicos de taxones anamorfos con helicosporas (hongos helicospóricos) a partir de la observación de especímenes obtenidos en China y de comparaciones con las descripciones de la bibliografía. Tras examinar más de 300 especímenes recién obtenidos y 100 especímenes de herbarios, se concluyó que actualmente se conocen 71 especies de 14 géneros en China continental, incluidas 9 especies nuevas y 2 combinaciones nuevas. Las nuevas especies son Helicomyces denticulatus G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Helicosporium dentophorum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Helicosporium sympodiophorum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Helicoma hainanense G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Helicoma hyalonema G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Helicoma latifilum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Helicoma scarabaeiforme G.Z. Zhao; Xenosporium latisporum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Xenosporium ovatum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu. Las nuevas combinaciones son Helicoma fumosum (P. Karst.) G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu; Helicofilia irregularis (P.M. Kirk) G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu. Otras tres combinaciones nuevas, Helicoma casuarinae (Matsush.) G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu, Helicoma hyalospora (Rao y D. Rao) G.Z. Zhao, X.Z. Liu y W.P. Wu y Slimacomyces isiola (R.T. Moore) G. Z. Zhao, y un nombre nuevo, Helicoma palmarum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu y W.P. Wu se presentan según la bibliografía. Todas las especies se describen, ilustran y analizan. Se indican las claves y características diagnósticas de la mayoría de los géneros helicospóricos. Se considera que Drepanospora es sinónimo de Helicosporium, y Troposporella y Helicosporina se tratan como sinónimos de Helicoma. Se descubrió un tercer grupo de Xenosporium sin conidios secundarios, y se describen cuatro especies nuevas de este grupo. No se pudo estudiar varios de los especímenes, de modo que figuran como registros dudosos.

 

Duan, J., Wu, W., Liu, X.Z.
Dinemasporium (coelomycetes)”
Fungal Diversity, 26 I, págs. 205-218. (2007)

Resumen

Se describen y se ilustran siete especies del género Dinemasporium Lév., incluidas Dinemasporium asetulum sp. nov., D. fusiforme sp. nov., D. ligongense sp. nov., D. sinense sp. nov. y D. neottiosporioides (Agnihothr.) comb. nov. Se proporciona una clave para las especies aceptadas del género. Los especímenes tipo de todas las especies nuevas que se describen se conservan en el herbario de W.P. Wu en la filial de Novozymes en China.

 

Duan, J., Liu, X., Wu, W.
“Reinstatement of Coleonaema for Coleophoma oleae and notes on Coleophoma” (Reasignación de Coleophoma oleae a Coleonaema y notas sobre Coleophoma)
Fungal Diversity, 26 I, págs. 187-204. (2007)

Resumen

El desarrollo de conidiomas y paráfisis en especies actualmente aceptadas de Coleophoma es de dos tipos. En ambos, los elementos iniciales se forman mediante la agregación de micelio epidérmico y luego las células de la capa superior presentan crecimiento ascendente y se vuelven tabicadas. Posteriormente, el desarrollo difiere. En el caso de C. crateriformis (especie tipo), C. empetri, C. cylindrospora, C. aesculi, C. fusiformis y C. prunicola sp. nov., algunas hifas de color hialino a marrón muy claro, de crecimiento ascendente con tabiques solamente en la base, se desarrollan a partir de la capa superior de los conidiomas iniciales. Las células apicales de estas hifas son hialinas, alargadas, hinchadas y con ápices libres. Se convierten en paráfisis que duran mucho tiempo y pueden verse en los conidiomas maduros. En el segundo grupo, que solo incluye C. oleae y dos colecciones sin nombre, las hifas de crecimiento ascendente son de color pálido a marrón oscuro, tabicadas y ramificadas, y presentan anastomosis en los ápices. Colapsan antes de que maduren los conidiomas, de modo que no se desarrollan paráfisis. Teniendo en cuenta estas diferencias, Coleophoma oleae se reasigna a Coleonaema. Se describe Coleophoma prunicola sp. nov. y por primera vez se notifica la microconidiogénesis en este género.

 

Derekova, A., Sjøholm, C., Mandeva, R., Kambourova, M.
Anoxybacillus rupiensis sp. nov., a novel thermophilic bacterium isolated from Rupi basin (Bulgaria)” (Anoxybacillus rupiensis sp. nov., una nueva bacteria termófila aislada de la cuenca del Rupi [Bulgaria])
Extremophiles, 11 (4), págs. 577-583. (2007)

Resumen

Se aislaron tres cepas de una nueva bacteria termófila, estrictamente aeróbica, grampositiva, formadora de esporas y hemoheterótrofa, de tres fuentes termales en la región de la cuenca del Rupi, en Bulgaria, como productoras de enzimas amilolíticas. Las secuencias del gen ARNr 16S (primeros 500 nucleótidos) eran muy similares (99,8 %). Las cepas fueron capaces de fermentar un amplio espectro de hidratos de carbono, tales como glúcidos, polioles y polisacáridos, p. ej., xilano, glucógeno y almidón. El crecimiento óptimo se observó a 55-58 °C con un pH de 6,0 a 6,5. Tras el análisis filogenético de la secuencia completa del gen ARNr 16S, se agrupó la cepa R270T con los representantes del género Anoxybacillus y Geobacillus tepidamans. El contenido G+C del ADN genómico fue del 41,7 %. Los análisis de hibridación cruzada ADN-ADN revelaron un grado bajo de homología con los parientes más cercanos (homología del 32,0 % molar con Geobacillus tepidamans). El perfil de ácidos grasos (los principales ácidos grasos son iso-C15:0 e iso-C17:0) confirmó la afiliación de la cepa al género Anoxybacillus. Sobre la base de los datos presentados en este estudio, se propone que la cepa R270 T representa una especie nueva del género Anoxybacillus para la cual se recomienda el nombre Anoxybacillus rupiensis sp. nov. (=DSM 17127T = NBIMCC 8387T). Los datos de la secuencia del gen ARNr 16S de una cepa R270 T se ingresaron en las bases de datos del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (European Molecular Biology Laboratory, EMBL) bajo el número de ingreso AJ879076. © 2007 Springer.

 

Cai, L., Hyde, K.D.
“New species of Clohiesia and Paraniesslia collected from freshwater habitats in China” (Nuevas especies de Clohiesia y Paraniesslia obtenidas de ecosistemas de agua dulce en China)
Mycoscience, 48 (3), págs. 182-186. (2007)

Resumen

Se descubrió que dos hongos obtenidos de residuos leñosos sumergidos representan especies hasta ahora sin describir de los géneros de ascomicetos Clohiesia y Paraniesslia. Se describen como Clohiesia curvispora sp. nov. y Paraniesslia aquatica sp. nov. de acuerdo con sus características morfológicas. Clohiesia curvispora se caracteriza por ascocarpos sumergidos debajo de un clípeo, y ascas unitunicadas y cilíndricas que contienen ascosporas unicelulares, curvas, alargadas y fusiformes. Paraniesslia aquatica se caracteriza por ascocarpos pequeños, superficiales y setosos, y ascas unitunicadas y claviformes que contienen ascosporas verrugosas y de color marrón. Cada especie se ilustra con micrografías ópticas y se compara con tazones similares en este artículo. © 2007 The Mycological Society of Japan and Springer-Verlag.

 

Liu, X.Y., Xie, X.G., Duan, J.X.
Colletotrichum yunnanense sp. nov., a new endophytic species from Buxus sp” (Colletotrichum yunnanense sp. nov., una nueva especie endofítica de Buxus sp)
Mycotaxon, 100, págs. 137-144. (2007)

Resumen

Durante el estudio de hongos endofíticos de plantas leñosas, se aisló una especie interesante de Colletotrichum. Las características morfológicas, como el crecimiento lento, los conidios largos y cilíndricos, y los apresorios irregularmente lobulados, junto con el análisis filogenético basado en secuencias de ADNr nuclear, indican que el hongo representa una especia nueva y diferente, que recibe el nombre Colletotrichum yunnanense. Se describe y se ilustra en el presente artículo.

 

Zhang, M., Zhang, T.-Y., Wu, W.-P.
“Taxonomic studies of Helminthosporium from China III. Three new species in Guangdong province” (Estudios taxonómicos de Helminthosporium de China, parte III. Tres especies nuevas en la provincia de Cantón)
Mycotaxon, 99, págs. 137-142. (2007)

Resumen

Se notifican tres especies nuevas del género Helminthosporium. Estas son Helminthosporium multiseptatum, Helminthosporium subhyalinum y Helminthosporium constrictum. Los especímenes tipo se depositaron en el herbario de la Universidad Agrícola de Shandong, Departamento de Fitopatología (Herbarium of Shandong Agricultural University: Plant Pathology, HSAUP).

 

De Maré, L., Cimander, C., Elfwing, A., Hagander, P.
“Feeding strategies for E. coli fermentations demanding an enriched environment” (Estrategias de alimentación para fermentos de E. coli que requieren un entorno enriquecido)
Bioprocess and Biosystems Engineering, 30 (1), págs. 13-25. (2007)

Resumen

La adición de nutrientes de carbono a un cultivo por lotes alimentados a menudo no es suficiente para lograr un nivel satisfactorio de crecimiento o producción. En algunos casos, se requiere una alimentación adicional, por ejemplo, con aminoácidos complementarios o medios complejos. En este artículo se presenta el desarrollo de estrategias de alimentación en cuyo caso se requiere más de un tipo de alimentación y el grado de conocimiento sobre los requisitos de crecimiento es bajo. Las simulaciones y los cultivos con E. coli se muestran empleando los controladores de alimentación propuestos, que se basan en un concepto de control de sondaje. Las estrategias funcionan bien y pueden utilizarse para acortar considerablemente la fase de desarrollo del proceso. © Springer-Verlag 2006.

 

Shenoy, B.D., Jeewon, R., Wu, W.P., Bhat, D.J., Hyde, K.D.
“Ribosomal and RPB2 DNA sequence analyses suggest that Sporidesmium and morphologically similar genera are polyphyletic” (Análisis de secuencias de ADN ribosómico y RPB2 sugieren que Sporidesmium y géneros morfológicamente similares son polifiléticos)
Mycological Research, 110 (8), págs. 916-928. (2006)

Resumen

Sporidesmium y géneros morfológicamente similares de dematiáceos e hifomicetos se caracterizan por fragmoconidios holoblásticos producidos en conidióforos proliferativos o no proliferativos. Incluyen varios géneros asexuales (anamorfos) separados taxonómicamente de Sporidesmium sensu lato y son similares en el hecho de que presentan secesión esquizolítica de los conidios. No obstante, la taxonomía de estos hongos asexuales ampliamente distribuidos y sus afinidades con ascomicetos conocidos aún no están del todo claras. En este estudio se incluye una investigación filogenética, basada en la secuencia genética de la subunidad mayor (Large Subunit, LSU) ν-ADNr y de la segunda mayor subunidad de ARN polimerasa II (RPB2), para evaluar la posible posición familar de Ellisembia, Linkosia, Repetophragma, Sporidesmiella, Sporidesmium y Stanjehughesia, y justificar si las características anamorfas son indicadores filogenéticos adecuados. Las filogenias proporcionan datos concluyentes que sugieren que Sporidesmium no es monofilético, y que las especies están distribuidas filogenéticamente en dos clases principales de ascomicetos, Dothideomycetes y Sordariomycetes. Las morfologías actualmente utilizadas en la clasificación han evolucionado de manera convergente y no son confiables en términos filogenéticos. Las posibles afinidades teleomórficas de estos géneros anamorfos se analizan en vista de los datos morfológicos y moleculares. Como estos anamorfos, en la mayoría de los casos, son la única forma conocida del holomorfo, se propone que cuando no se pueda detectar su fase teleomórfica, se utilicen los nombres de los anamorfos para el holomorfo. © 2006 The British Mycological Society.

 

Derekova, A., Sjøholm, C., Mandeva, R., Michailova, L., Kambourova, M.
“Biosynthesis of a thermostable gellan lyase by newly isolated and characterized strain of Geobacillus stearothermophilus 98” (Biosíntesis de una liasa termoestable de goma gellan por parte de una cepa recientemente aislada y caracterizada de Geobacillus stearothermophilus 98)
Extremophiles, 10 (4), págs. 321-326. (2006)

Resumen

La cepa termófila capaz de degradar la goma gellan se aisló de una fuente termal en Bulgaria. De acuerdo con sus propiedades morfológicas y bioquímicas, y mediante la secuenciación parcial de su ADNr 16S, se clasificó como Geobacillus stearothermophilus. Creció en un medio sintético con goma gellan como su única fuente de carbono, a una velocidad de crecimiento específica de 0,69 h-1 y con un tiempo de generación de 60 min. La cepa produjo liasa termoestable de goma gellan de manera extracelular durante la fase exponencial. Su síntesis fue inducible; la enzima no se registró en cultivo líquido sin goma gellan. La actividad enzimática aumentó 10 veces en condiciones de cultivo continuo en comparación con los datos de fermentación por lotes y la productividad enzimática fue casi 6 veces mayor. La enzima presentó un grado óptimo de actividad a 75 °C en un espectro muy grande de pH, de 4 a 8,5. Esta enzima es la primera liasa termoestable notificada de la goma gellan, su actividad residual fue del 100 % tras 24 h de incubación a 60 C y su media vida fue de 60 min a 70 °C. © Springer-Verlag 2006.

 

Holtze, M.S., Nielsen, P., Ekelund, F., Rasmussen, L.D., Johnsen, K.
“Mercury affects the distribution of culturable species of Pseudomonas in soil” (El mercurio afecta la distribución de especies cultivables de Pseudomonas en el suelo)
Applied Soil Ecology, 31 (3), págs. 228-238. (2006)

Resumen

Bacterias Pseudomonas aisladas durante 52 días en agar S1 de Gould de suelo enriquecido con 0, 3,5 y 15 mg de Hg(II)/kg de suelo-1, se caracterizaron para revelar si el mercurio las afectaba de manera diferente. Las cepas obtenidas de los tratamientos con 0 y 15 mg de Hg/kg-1 se caracterizaron mediante espectrometría infrarroja por transformada de Fourier (Fourier Transform Infrared Spectroscopy, FTIR) y la posterior secuenciación parcial de ADNr 16S de cepas representativas. Para verificar la selectividad del agar S1 de Gould y la caracterización mediante FTIR, las 450 cepas se sometieron a los siguientes análisis: tinción de Gram, actividad de catalasa y oxidasa, producción de pigmentos en agar de papa y dextrosa (Potato Dextrose Agar, PDA​) y crecimiento a diferentes temperaturas. Asimismo, las cepas se analizaron para determinar su capacidad de crecer en agar modificado con 10 mg de Hg/kg-1 como indicación de su resistencia al mercurio. Se descubrió que hasta el 80 % de las cepas en suelo modificado con 15 mg de Hg/kg-1 fueron resistentes al mercurio, mientras que solo el 20 % como máximo fueron resistentes en los tratamientos con 0 y 3,5 mg de Hg/kg-1. Se descubrieron dos grupos de Pseudomonas, que probablemente representen especies sin describir dado que no se agruparon estrechamente con ninguna otra especie conocida de Pseudomonas en el dendrograma. Las cepas potenciadas con Hg se relacionaron estrechamente con P. frederiksbergensis. Además, la resistencia al Hg se limitó casi exclusivamente a los grupos de P. frederiksbergensis y P. migulae. Se concluyó que el Hg provocó una variación en la especie dominante de Pseudomonas cultivables. © 2005 Elsevier B.V. Todos los derechos reservados.

 

Zhao, G.Z., Wu, W.P., Liu, B., Liu, X.Z.
“Two new species of Xenosporium (Hyphomycetes) lacking secondary conidia” (Dos especies nuevas de Xenosporium (hifomicetos) que carecen de conidios secundarios)
Nova Hedwigia, 82 (1-2), págs. 127-134. (2006)

Resumen

Dos hifomicetos antes desconocidos, asignables al género Xenosporium, se notificaron en China. Xenosporium helicominum, descubierto en madera en descomposición, y X. tibetanum, descubierto en bambú, producen conidios característicos del género, pero carecen de los conidios secundarios que se encuentran en la mayoría de las especies. El género Xenosporium se dividió en dos grupos morfológicos según la curvatura de los conidios. Ahora se necesita un tercer grupo para tener en cuenta las especies que carecen de conidios secundarios. Este grupo incluye X. latisporum, X. helicominum, X. tibetanum y X. ovatum. Se indican las características diagnósticas de estas cuatro especies. Los especímenes tipo de las dos especies nuevas se depositaron en el herbario micológico de Wu en la filial de Novozymes en China y en el herbario micológico del Instituto de Microbiología de la Academia Sínica, en Pekín (HMAS), respectivamente. © 2006 J. Cramer in der Gebrüder Borntraeger Verlagsbuchhandlung.

 

Lydolph, M.C., Jacobsen, J., Arctander, P., Gilbert, M.T.P., Gilichinsky, D.A., Hansen, A.J., Willerslev, E., Lange, L.
“Beringian paleoecology inferred from permafrost-preserved fungal DNA” (Paleoecología de la región de Beringia inferida a partir del ADN fúngico preservado en el permafrost)
Applied and Environmental Microbiology, 71 (2), págs. 1012-1017. (2005)

Resumen

La diversidad de hongos en suelo permanentemente congelado de la región noreste de Siberia se estudió mediante la amplificación de la reacción en cadena de la polimerasa (Polymerase Chain Reaction, PCR) independiente de cultivos de diversos genes ARNr 18S en el medioambiente. Se emplearon protocolos elaborados para evitar la contaminación durante la perforación, el muestreo y la amplificación. Se pudo obtener de manera reproducible una amplia variedad de secuencias de ADN eucariótico de 510 pb de largo, incluidas secuencias de diversos hongos, plantas e invertebrados, a partir de muestras de 300 000 a 400 000 años de antigüedad. Las secuencias revelaron que las antiguas comunidades fúngicas incluían diversas levaduras adaptadas al frío, hongos de pigmentación oscura, hongos parásitos de plantas y micobiontes de líquenes. Los restos de ADN de macrohongos asociados con árboles en una muestra moderna de la tundra indicaron que hubo una variación en la diversidad fúngica después de la última glaciación y respaldaron los resultados recientes, que muestran un cambio importante en la composición de las plantas en el noreste de Siberia durante este período. Curiosamente, las secuencias de ADN que presentan un alto grado de homología con las secuencias de hongos coprófilos y queratinófilos indicaron que las heces, el cabello, la piel y las uñas podrían haber sido fuentes de ADN de megafauna antigua que, según se notificó recientemente, estaba presente en pequeñas cantidades de sedimentos de permafrost de Siberia.

 

De Lipthay, J.R., Johnsen, K., Albrechtsen, H.-J., Rosenberg, P., Aamand, J.
“Bacterial diversity and community structure of a sub-surface aquifer exposed to realistic low herbicide concentrations” (Diversidad y estructura de comunidades bacterianas de un acuífero subsuperficial expuesto a concentraciones bajas realistas de herbicidas)
FEMS Microbiology Ecology, 49 (1), págs. 59-69. (2004)

Resumen

Se encuentra una cantidad cada vez mayor de herbicidas en entornos de agua subterránea. Esto hace hincapié en la necesidad de examinar los efectos de la exposición a herbicidas en las comunidades microbianas autóctonas de aguas subterráneas, ya que la degradación microbiana es el principal proceso responsable de la eliminación total de la mayoría de los contaminantes. Se examinó el efecto de la exposición in situ a concentraciones bajas realistas de herbicidas en la diversidad y en la estructura de las comunidades microbianas de sedimentos subsuperficiales de un acuífero poco profundo cerca de Vejen (Dinamarca). Se llevaron a cabo tres tipos distintos de análisis de las comunidades: tipificación morfológica de colonias, utilización de fuente de carbono única en placas EcoPlates Biolog® y electroforesis en gel con gradiente de desnaturalización. El análisis de conglomerados demostró que las comunidades microbiana de los sedimentos acuíferos que se adaptaron a la exposición a herbicidas también tenían una estructura similar. Esta observación fue coincidente en los tres análisis de las comunidades. Por contraste, no se observó ningún efecto significativo en la diversidad bacteriana, con excepción de la fracción cultivable, donde se detectó un índice de Shannon y un grado de riqueza considerablemente mayores en los sedimentos adaptados a los herbicidas. Los resultados de este estudio demuestran que la exposición in situ de acuíferos subsuperficiales a concentraciones bajas realistas de herbicidas puede alterar la estructura general de una comunidad bacteriana natural, aunque no pudieron detectarse efectos significativos en la diversidad genética y en la utilización de sustratos de carbono. El impacto observado probablemente se debió a efectos indirectos. Por lo tanto, para futuras investigaciones, se recomienda la inclusión de métodos que detecten específicamente genes funcionales y subpoblaciones microbianas de interés. © 2004 Federation of European Microbiological Societies. Publicado por Elsevier B.V. Todos los derechos reservados.

 

Huber, I., Spanggaard, B., Appel, K.F., Rossen, L., Nielsen, T., Gram, L.
“Phylogenetic analysis and in situ identification of the intestinal microbial community of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum)” (Análisis filogenético e identificación in situ de la comunidad microbiana intestinal de la trucha arcoíris [Oncorhynchus mykiss, Walbaum])
Journal of Applied Microbiology, 96 (1), págs. 117-132. (2004)

Resumen

Objetivos: identificar la microbiota intestinal dominante cultivable y no cultivable de la trucha arcoíris. Métodos y resultados: la densidad microbiana intestinal de la trucha arcoíris se calculó mediante recuentos microscópicos directos (4′,6- diamino-2-fenilindol, DAPI) y cultivos en agar con tripticasa de soja (Tryptone Soya Agar, TSA). El análisis mediante electroforesis en gel con gradiente diferencial del ADN bacteriano de muestras intestinales, la reamplificación de bandas y el análisis de secuencias se utilizaron para identificar las bacterias dominantes en las muestras cuyos recuentos aeróbicos eran ≤2 % de los recuentos con DAPI. Se identificaron secuencias del gen ADNr 16S de 146 cepas bacterianas y 3 secuencias de bacterias sin cultivar. Se construyó un conjunto de sondas de oligonucleótidos y se utilizó para detectar y enumerar la estructura de la comunidad bacteriana del tubo gastrointestinal de la trucha arcoíris mediante hibridación fluorescente in situ (Fluorescence In Situ Hybridization, FISH). Los miembros de la subclase γ de proteobacterias (principalmente Aeromonas y Enterobacteriaceae) dominaron la estructura de la población bacteriana. También se identificaron Acinetobacter, Pseudomonas, Shewanella, Plesiomonas y Proteus junto con cepas pertenecientes a la subclase β de proteobacterias y bacterias grampositivas con alto y bajo contenido de G+C de ADN. En la mayoría de las muestras, el recuento aeróbico (en TSA) fue del 50 al 90 % del recuento directo (DAPI). Se detectó una bacteria que representa una estirpe filogenética antes desconocida con solo el 89 % de similitud con la secuencia del gen ARNr 16S de Anaerofilum pentosovorans en muestras intestinales cuyos recuentos aeróbicos eran ≤2 % de los recuentos directos (DAPI). Se hibridó (FISH) entre el 10 y el 75 % de la población microbiana de las muestras con bajos recuentos aeróbicos con una sonda construida en relación con esta bacteria aún sin cultivar. Conclusiones: las proteobacterias pertenecientes a la subclase γ dominaron la microbiota intestinal de la trucha arcoíris. Sin embargo, en algunas muestras, la microflora estuvo dominada por microorganismos sin cultivar, supuestamente anaeróbicos. La estructura de la población bacteriana intestinal de la trucha arcoíris, así como los recuentos bacterianos totales, varió de un pez a otro. Importancia e impacto del estudio: se observó una buena correlación entre los resultados de los cultivos y el análisis in situ; sin embargo, un enfoque molecular resultó decisivo para identificar los organismos que no se cultivaron en TSA.