Cai, L., Hyde, K.D.
"Ascorhombispora aquatica gen. et sp. nov. from a freshwater habitat in China, and its phylogenetic placement based on molecular data"
Cryptogamie, Mycologie, 28 (4), pp. 291-300. (2007)

Resumo

Ascorhombispora é um novo gênero, caracterizado por ascomata peritecial superficial na cor marrom escura à preta, ascos saciformes dilatados e bitunicados e ascósporos trapezoidais trisseptados na cor marrom escura e com uma ampla banda de septo. As regiões 28S rDNA e 18S rDNA deste fungo foram amplificadas e sequenciadas. A análise filogenética foi conduzida para inferir o posicionamento sistemático desse fungo. Os resultados demonstram que Ascorhombispora aquatica está dentro da ordem Pleosporales (Dothidiomycetes, Ascomycota), o que corrobora com a predição morfológica. © 2007 Adac.

 

Borchert, M.S., Nielsen, P., Graeber, I., Kaesler, I., Szewzyk, U., Pape, T., Antranikian, G., Schäfer, T.
"Bacillus plakortidis sp. nov. and Bacillus murimartini sp. nov., novel alkalitolerant members of rRNA group 6"
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 57 (12), pp. 2888-2893. (2007)

Resumo

A cepa de bactéria marinha gram-positiva tolerante a álcalis e sais P203T é descrita em conjunto com seu vizinho filogenético mais próximo, o isolado terrestre LMG 21005T. A cepa P203T foi isolada do material da esponja Plakortis simplex obtida de Sula-Ridge, Mar da Noruega. A cepa LMG 21005T era uma cepa não descrita que havia sido isolada de um mural de igreja na Alemanha. As cepas P203T e LMG 21005T foram identificadas como novos membros tolerantes a álcalis do grupo 6 de RNAr de Bacillus com uma similaridade de sequência genética de 16S RNAr de 99,5%. O vizinho mais próximo descrito, Bacillus gibsonii DSM 8722T, exibiu 99,0% de similaridade de sequência genética com P203T e 98,8% de similaridade com a cepa LMG 21005T. Apesar da alta similaridade de sequência genética de 16S RNAr, a hibridação cruzada entre os DNAs revelou uma semelhança de apenas 25,8–34,1% entre as três cepas. O conteúdo de DNA G + C foi 41,1 mol% para a cepa P203T e 39,6 mol% para a cepa LMG 21005T. Ambas as cepas cresceram bem entre pH 7 e pH 11. A cepa P203T exibiu crescimento a temperaturas moderadas (de 4 a 30 °C) e na presença de até 12% (p/v) de NaCl a pH 9,7, enquanto a cepa LMG 21005T foi não tolerante ao sal (até 4% de NaCl) e nenhum crescimento foi observado a 4 °C. Os principais ácidos graxos das cepas P203T, LMG 21005T e a cepa de tipo de B. gibsonii foram os compostos terminalmente ramificados com metila saturados iso-C15:0 (19,8, 15,6 e 28,0%, respectivamente) e anteiso-C15:0 (57,1, 48,6 e 45,2%, respectivamente). Os testes fisiológicos e bioquímicos permitiram a diferenciação genotípica e fenotípica das cepas P203T e LMG 21005T das seis espécies de Bacillus relacionadas com nomes validamente publicados e apoiaram a proposta de duas novas espécies, Bacillus plakortidis [cepa do tipo P203T (= DSM 19153T = NCIMB 14288T)] e Bacillus murimartini [cepa do tipo LMG 21005T (= NCIMB 14102T)]. © 2007 IUMS.

 

Cai, L., Hyde, K.D.
"Anamorphic fungi from freshwater habitats in China: Dictyosporium tetrasporum and Exserticlava yunnanensis spp. nov., and two new records for Pseudofuscophialis lignicola and Pseudobotrytis terrestris"
Mycoscience, 48 (5), pp. 290-296. (2007)

Resumo

Este artigo descreve dois novos fungos anamórficos de habitats de água doce, Dictyosporium tetrasporum sp. nov. e Exserticlava yunnanensis sp. nov., com base em caracteres morfológicos. Ambas as espécies são ilustradas com micrografias de luz e comparadas com táxons semelhantes. Pseudofuscophialis lignicola e Pseudobotrytis terrestris são relatados como novos registros de habitats de água doce. © 2007 The Mycological Society of Japan and Springer-Verlag.

 

Zhao, G., Liu, X., Wu, W.
"Helicosporous hyphomycetes from China"
Fungal Diversity, 26 II, pp. 313-524. (2007)

Resumo

Estudos morfológicos de táxons anamórficos com helicosporos (fungos helicosporosos) foram realizados com base na observação de espécimes coletados na China e comparações com descrições na literatura. Após o exame de mais de 300 espécimes recém-coletados e 100 espécimes de herbário, concluímos que 71 espécies em 14 gêneros são atualmente conhecidas na China continental, incluindo 9 novas espécies e 2 novas combinações. As novas espécies são Helicomyces denticulatus G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Helicosporium dentophorum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Helicosporium sympodiophorum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Helicoma hainanense G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Helicoma hyalonema G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Helicoma latifilum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Helicoma scarabaeiforme G.Z. Zhao; Xenosporium latisporum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Xenosporium ovatum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu. As novas combinações são Helicoma fumosum (P. Karst). G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu; Helicofilia irregularis (P.M. Kirk) G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu. Outras três novas combinações, Helicoma casuarinae (Matsush.) G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu, Helicoma hyalospora (Rao e D. Rao) G.Z. Zhao, X.Z. Liu e W.P. Wu e Slimacomyces isiola (R.T. Moore) G. Z. Zhao e um novo nome, Helicoma palmarum G.Z. Zhao, Xing Z. Liu & W.P. Wu, foram introduzidos com base na literatura. Todas as espécies são descritas, ilustradas e discutidas. São fornecidos códigos e características de diagnóstico para a maioria dos gêneros helicosporosos. Drepanospora é considerado sinônimo de Helicosporium, e Troposporella e Helicosporina são tratados como sinônimos de Helicoma. Um terceiro grupo de Xenosporium sem conídios secundários foi descoberto, e quatro novas espécies estão descritas neste grupo. Vários espécimes não estavam disponíveis para estudo e foram listados como registros duvidosos.

 

Duan, J., Wu, W., Liu, X.Z.
"Dinemasporium (coelomycetes)"
Fungal Diversity, 26 I, pp. 205-218. (2007)

Resumo

Sete espécies do gênero Dinemasporium Lév. são descritas e ilustradas, incluindo Dinemasporium asetulum sp. nov., D. fusiforme sp. nov., D. ligongense sp. nov., D. sinense sp. nov. e D. neottiosporioides (Agnihothr.) comb. nov. É fornecido um código para as espécies aceitas no gênero. Os espécimes de tipo para todas as novas espécies descritas estão mantidos no herbário de W.P. Wu na Novozymes China.

 

Duan, J., Liu, X., Wu, W.
"Reinstatement of Coleonaema for Coleophoma oleae and notes on Coleophoma"
Fungal Diversity, 26 I, pp. 187-204. (2007)

Resumo

O desenvolvimento de conidiomata e paráfises nas espécies atualmente aceitas de Coleophoma é de dois tipos. Em ambos, as iniciais são formadas pela agregação do micélio epidérmico, e, posteriormente, as células na camada superior crescem ascendentemente e tornam-se septadas. Posteriormente, o desenvolvimento difere. In C. crateriformis (type species), C. empetri, C. cylindrospora, C. aesculi, C. fusiformis e C. prunicola sp. nov., algumas hifas hialinas a marrom pálido que crescem ascendentemente com septos apenas na base se desenvolvem a partir da camada superior das iniciais conidiomatas. As células apicais dessas hifas são hialinas, alongadas, inchadas e com ápices livres. Eles se desenvolvem em paráfises que persistem por um longo período de tempo e podem ser observadas mesmo em conidiomatas maduros. No segundo grupo, que contém apenas C. oleae e duas coleções sem nome, as hifas crescentes são pálidas a marrom escuro, septadas e ramificadas e com anastomose nos ápices. Elas colapsam antes que os conidiomatas amadureçam, então, não há o desenvolvimento de paráfises. Com base nessas diferenças, Coleophoma oleae foi reatribuído a Coleonaema. Coleophoma prunicola sp. nov. foi descrito, e a microconidiogênese foi relatada pela primeira vez neste gênero.

 

Derekova, A., Sjøholm, C., Mandeva, R., Kambourova, M.
"Anoxybacillus rupiensis sp. Nov., a novel thermophilic bacterium isolated from Rupi basin (Bulgaria)"
Extremophiles, 11 (4), pp. 577-583. (2007)

Resumo

Foram isoladas três cepas de uma nova bactéria hemo-organotrófica formadora de esporos, termófila, rigorosamente aeróbica, gram-positiva de três fontes termais na região da bacia de Rupi, na Bulgária, como produtoras de enzimas amilolíticas. Suas sequências de genes RNAr 16S (primeiros 500 nucleotídeos) eram muito similares (99,8%). As cepas eram capazes de fermentar um amplo espectro de carboidratos, como açúcares, polióis e polissacarídeos como xilano, glicogênio e amido. O crescimento ótimo foi observado a 55–58 °C e pH 6,0–6,5. A análise filogenética de toda a sequência de genes RNAr 16S agrupou a cepa R270T com os representantes do gênero Anoxybacillus e com Geobacillus tepidamans. O teor de G + C do DNA genômico era de 41,7%. A análise de hibridização de DNA-DNA revelou baixa homologia com os parentes mais próximos (32,0 mol% de homologia a Geobacillus tepidamans). O perfil de ácidos graxos (principais ácidos graxos iso-C15:0 e iso-C17:0) confirmou a afiliação da cepa ao gênero Anoxybacillus. Com base nos dados aqui apresentados, propomos que a cepa R270 T represente uma nova espécie do gênero Anoxybacillus, para a qual recomendamos o nome Anoxybacillus rupiensis sp. nov. (= DSM 17127T = NBIMCC 8387T). Os dados da sequência de genes RNAr 16S de uma cepa R270 T foram depositados nos bancos de dados EMBL sob o número de acesso AJ879076. © 2007 Springer.

 

Cai, L., Hyde, K.D.
"New species of Clohiesia and Paraniesslia collected from freshwater habitats in China"
Mycoscience, 48 (3), pp. 182-186. (2007)

Resumo

Descobriu-se que dois fungos coletados de detritos lenhosos submersos representam, até o momento, espécies não descritas dos gêneros ascomicéticos Clohiesia e Paraniesslia. Eles foram descritos como Clohiesia curvispora sp. nov. e Paraniesslia aquatica sp. nov. com base em caracteres morfológicos. Clohiesia curvispora é caracterizado por ascomata imerso sob um clípeo e ascos cilíndricos e unitunicados contendo ascósporos unicelulares, curvados e fusiformes alongados. Paraniesslia aquatica é caracterizado por ascomata pequeno e superficial e ascos claviformes e unitunicados contendo ascósporos marrons e verrucosos. Cada espécie é ilustrada com micrografias de luz e comparada com táxons similares neste artigo. © 2007 The Mycological Society of Japan and Springer-Verlag.

 

Liu, X.Y., Xie, X.G., Duan, J.X.
"Colletotrichum yunnanense sp. nov., a new endophytic species from Buxus sp"
Mycotaxon, 100, pp. 137-144. (2007)

Resumo

Durante nosso estudo de fungos endofíticos de plantas lenhosas, uma espécie interessante de Colletotrichum foi isolada. As características morfológicas, como crescimento lento, conídios cilíndricos e grandes e apressório irregularmente lobulado, além de análises filogenéticas baseadas em sequências de DNAr nucleares, indicam que o fungo representa uma nova espécie distinta que foi denominada Colletotrichum yunnanense. Este fungo é descrito e ilustrado aqui.

 

Zhang, M., Zhang, T.-Y., Wu, W.-P.
"Taxonomic studies of Helminthosporium from China III. Three new species in guangdong province"
Mycotaxon, 99, pp. 137-142. (2007)

Resumo

Três novas espécies do gênero Helminthosporium foram relatadas. São elas: Helminthosporium multiseptatum, Helminthosporium subhyalinum e Helminthosporium constrictum. Os espécimes de tipo foram depositados no Herbarium of Shandong Agricultural University: Plant Pathology (HSAUP).

 

De Maré, L., Cimander, C., Elfwing, A., Hagander, P.
"Feeding strategies for E. coli fermentations demanding an enriched environment"
Bioprocess and Biosystems Engineering, 30 (1), pp. 13-25. (2007)

Resumo

A adição de um nutriente de carbono a um cultivo de lote alimentado geralmente não é suficiente para obter crescimento e/ou produção satisfatórios. Em alguns casos, é necessária alimentação adicional com, por exemplo, aminoácidos suplementares ou meios complexos. Este trabalho apresenta o desenvolvimento de estratégias de alimentação onde é necessário mais de um nutriente e o conhecimento dos requisitos de crescimento é pequeno. As simulações e os cultivos com E. coli são demonstrados usando os controladores de alimentação propostos, que são baseados em um conceito de controle de sondagem. As estratégias funcionam bem e podem ser usadas para reduzir consideravelmente a fase de desenvolvimento do processo. © Springer-Verlag 2006.

 

Shenoy, B.D., Jeewon, R., Wu, W.P., Bhat, D.J., Hyde, K.D.
"Ribosomal and RPB2 DNA sequence analyses suggest that Sporidesmium and morphologically similar genera are polyphyletic"
Mycological Research, 110 (8), pp. 916-928. (2006)

Resumo

Sporidesmium e dematiáceos morfologicamente semelhantes, os gêneros hifomicetos são caracterizados por fragmoconídios holoblásticos produzidos em conidióforos proliferantes ou não proliferantes. Eles incluem vários gêneros assexuados (anamórficos) segregados de forma taxonômica do Sporidesmium sensu lato, e são semelhantes na presença de secessão de conídios esquizolíticos. No entanto, a taxonomia desses fungos assexuados ubíquos e suas afinidades com Ascomicetos conhecidos ainda são incertas. Este estudo incorpora uma investigação filogenética com base na sequência de genes LSU nu-rDNA e segunda maior subunidade da RNA polimerase II (RPB2, na sua sigla em inglês) para avaliar o possível posicionamento familiar de Ellisembia, Linkosia, Repetophragma, Sporidesmiella, Sporidesmium e Stanjehughesia e justificar se os caracteres anamórficos são indicadores filogenéticos adequados. As filogenias fornecem provas conclusivas que sugerem que Sporidesmium não é monofilético, e as espécies são distribuídas filogeneticamente em duas grandes classes de ascomicetos, Dothideomycetes e Sordariomycetes. As morfologias atualmente utilizadas em sua classificação sofreram uma evolução convergente e não são filogeneticamente confiáveis. As possíveis afinidades teleomórficas desses gêneros anamórficos são discutidas à luz da morfologia e dos dados moleculares. Como esses anamorfos, na maioria dos casos, são a única forma conhecida do holomorfo, propõe-se que, na ausência ou falha na detecção de sua fase teleomórfica, os nomes de anamorfos devem ser usados para o holomorfo. © 2006 The British Mycological Society.

 

Derekova, A., Sjøholm, C., Mandeva, R., Michailova, L., Kambourova, M.
"Biosynthesis of a thermostable gellan lyase by newly isolated and characterized strain of Geobacillus stearothermophilus 98"
Extremophiles, 10 (4), pp. 321-326. (2006)

Resumo

A cepa termofílica capaz de degradar gelano foi isolada da fonte termal búlgara. De acordo com suas propriedades morfológicas e bioquímicas e por sequenciação parcial do seu DNAr 16S, ela foi classificada como Geobacillus stearothermophilus. Ela cresceu em um meio sintético com gelano como única fonte de carbono a uma taxa de crescimento específica de 0,69 h-1 e tempo de geração de 60 min. A cepa produziu extracelularmente gelano liases termostáticas durante a fase exponencial. Sua síntese foi indutível; a enzima não foi registrada em líquido de cultura sem gelano. A atividade enzimática aumentou dez vezes em condições de cultivo contínuo em comparação com dados de fermentações em lote, e a produtividade enzimática foi quase seis vezes maior. A enzima exibiu atividade ideal a 75 ºC em uma grande faixa de pH 4–8,5. Esta enzima é a primeira gelano liase termoestável relatada, sua atividade residual foi 100% após 24 h de incubação a 60 °C e sua meia-vida foi de 60 min a 70 °C. © Springer-Verlag 2006.

 

Holtze, M.S., Nielsen, P., Ekelund, F., Rasmussen, L.D., Johnsen, K.
"Mercury affects the distribution of culturable species of Pseudomonas in soil"
Applied Soil Ecology, 31 (3), pp. 228-238. (2006)

Resumo

As bactérias Pseudomonas isolada por 52 dias em ágar S1 Gould do solo enriquecido com 0; 3,5 e 15 mg Hg (II) kg de solo-1 foi caracterizada para demonstrar se o mercúrio as afetou de forma diferente. Os isolados dos tratamentos com 0 e 15 mg Hg kg-1 foram caracterizados utilizando a caracterização de FT-IR e subsequente sequenciamento parcial de DNAr 16S de isolados representativos. Para verificar a seletividade do ágar S1 Gould e a caracterização de FT-IR, todos os 450 isolados foram submetidos aos seguintes testes: determinação de Gram, atividade de catalase e oxidase, produção de pigmento em PDA e crescimento em diferentes temperaturas. Além disso, os isolados foram testados quanto à sua capacidade de crescer em ágar modificado com 10 mg Hg kg-1 como indicação de resistência ao mercúrio. Descobriu-se que até 80% dos isolados em solo modificados com 15 mg Hg kg-1 era resistente ao mercúrio, enquanto que até 20%, somente, demonstrou ser resistente nos tratamentos com 0 e 3,5 mg Hg kg-1. Foram encontrados dois grupos de Pseudomonas que provavelmente representam espécies não descritas, pois não se agruparam intimamente com nenhuma espécie conhecida de Pseudomonas no dendrograma. Os isolados enriquecidos com Hg foram intimamente relacionados à bactéria P. frederiksbergensis. Além disso, a resistência ao Hg foi quase exclusivamente restrita aos grupos de P. frederiksbergensis e P. migulae. Concluiu-se que Hg provocou uma alteração nas espécies dominantes de Pseudomonas cultiváveis. © 2005 Elsevier B. V. Todos os direitos reservados.

 

Zhao, G.Z., Wu, W.P., Liu, B., Liu, X.Z.
"Two new species of Xenosporium (Hyphomycetes) lacking secondary conidia"
Nova Hedwigia, 82 (1-2), pp. 127-134. (2006)

Resumo

Dois casos de hifomicetos previamente desconhecidos, atribuíveis ao gênero Xenosporium, foram relatados na China. Xenosporium helicominum, encontrado em madeira em decomposição, e X. tibetanum, encontrado em bambu, produzem conídios característicos do gênero, mas não possuem conídios secundários encontrados na maioria das espécies. O gênero Xenosporium foi dividido em dois grupos morfológicos baseados na curvatura dos conídios. Atualmente, um terceiro grupo é necessário para acomodar as espécies que não possuem conídios secundários. Este grupo inclui X. latisporum, X. helicominum, X. tibetanum e X. ovatum. Os caracteres de diagnóstico dessas quatro espécies são fornecidos. Os espécimes de tipo para as duas novas espécies foram depositados no herbário micológico de Wu na Novozymes China e no Mycological Herbarium, Institute of Microbiology, Academia Sinica, Beijing (HMAS), respectivamente. © 2006 J. Cramer in der Gebrüder Borntraeger Verlagsbuchhandlung.

 

Lydolph, M.C., Jacobsen, J., Arctander, P., Gilbert, M.T.P., Gilichinsky, D.A., Hansen, A.J., Willerslev, E., Lange, L.
"Beringian paleoecology inferred from permafrost-preserved fungal DNA"
Applied and Environmental Microbiology, 71 (2), pp. 1012-1017. (2005)

Resumo

A diversidade de fungos em solo permanentemente congelado do nordeste da Sibéria foi estudada por amplificação por PCR independente de cultura de diversos genes de RNAr 18S ambientais. Foram utilizados protocolos elaborados para evitar a contaminação durante a perfuração, a amostragem e a amplificação. Uma ampla diversidade de sequências de DNA eucariótico de 510 pb de comprimento, incluindo sequências de vários fungos, plantas e invertebrados, pôde ser obtida de forma reprodutiva a partir de amostras de até 300 mil a 400 mil anos. As sequências revelaram que as comunidades fúngicas antigas incluíam uma diversidade de leveduras adaptadas ao frio, fungos pigmentados escuros, fungos parasíticos de plantas e micobiontes de líquen. Traços de DNA de macrofungos associados a árvores em uma amostra de tundra moderna indicaram que houve uma alteração na diversidade de fungos após a última era do gelo e apoiaram resultados recentes exibindo que houve uma mudança drástica na composição das plantas no nordeste da Sibéria durante esse período. Curiosamente, as sequências de DNA com alta homologia às sequências de fungos coprofílicos e queratinofílicos indicaram que fezes, pelos, pele e unhas poderiam ter sido fontes de DNA da megafauna antiga recentemente relatada como presente em pequenas quantidades de sedimentos de pergelissolo da Sibéria.

 

De Lipthay, J.R., Johnsen, K., Albrechtsen, H.-J., Rosenberg, P., Aamand, J.
"Bacterial diversity and community structure of a sub-surface aquifer exposed to realistic low herbicide concentrations"
FEMS Microbiology Ecology, 49 (1), pp. 59-69. (2004)

Resumo

Um número crescente de herbicidas é encontrado em águas subterrâneas. Isso ressalta a necessidade de examinar os efeitos da exposição a herbicidas nas comunidades microbianas de águas subterrâneas indígenas, uma vez que a degradação microbiana é o principal processo responsável pela remoção completa da maioria dos contaminantes. Examinamos o efeito da exposição in situ a baixas concentrações realistas de herbicidas na diversidade microbiana e estrutura comunitária de sedimentos subsuperficiais de um aquífero pouco profundo perto de Vejen (Dinamarca). Foram realizadas três análises diferentes da comunidade: tipologia de morfologia de colônias, utilização de fonte de carbono única em Biolog®EcoPlates e eletroforese em gel de gradiente desnaturante. A análise de agrupamentos demonstrou que as comunidades microbianas desses sedimentos aquíferos que se aclimataram à exposição ao herbicida também apresentaram estrutura de comunidade semelhante. Essa observação foi concorrente às três análises de comunidade. Em contraste, nenhum efeito significativo foi encontrado na diversidade bacteriana, exceto para a fração cultivável, onde o índice de Shannon e riqueza significativamente maior foi encontrado nos sedimentos aclimatados aos herbicidas. Os resultados deste estudo demonstram que a exposição in situ de aquíferos subsuperficiais a baixas concentrações realistas de herbicidas pode alterar a estrutura geral de uma comunidade bacteriana natural, embora não sejam detectados efeitos significativos na diversidade genética e no uso de substrato de carbono. O impacto observado ocorreu provavelmente devido a efeitos indiretos. Em futuras investigações, recomenda-se a inclusão de métodos que detectem especificamente subpopulações microbianas relevantes e genes funcionais. © 2004 Federation of European Microbiological Societies. Publicado por Elsevier B.V. Todos os direitos reservados.

 

Huber, I., Spanggaard, B., Appel, K.F., Rossen, L., Nielsen, T., Gram, L.
"Phylogenetic analysis and in situ identification of the intestinal microbial community of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum)"
Journal of Applied Microbiology, 96 (1), pp. 117-132. (2004)

Resumo

Objetivos: identificar a microbiota predominante cultivável e não cultivável do intestino da truta arco-íris. Métodos e resultados: a densidade microbiana do intestino da truta arco-íris foi estimada por contagens microscópicas diretas (4',6-diamidino-2-fenilindol, DAPI, na sua sigla em inglês) e por cultivo em ágar triptona de soja (TSA, na sua sigla em inglês). A análise por eletroforese em gel de gradiente diferencial do DNA bacteriano de amostras intestinais, reamplificação de bandas e análise sequencial foi utilizada para identificar as bactérias que dominaram amostras onde as contagens aeróbicas eram ≤2% da contagem de DAPI. Foram identificadas sequências de genes DNAr 16S de 146 isolados bacterianos e três sequências de bactérias não cultivadas. Um conjunto de sondas de oligonucleotídeos foi construído e usado para detectar e enumerar a estrutura da comunidade bacteriana do sistema gastrointestinal da truta arco-íris através da hibridação fluorescente in situ (FISH, na sua sigla em inglês). Membros da subclasse gama de proteobactérias (principalmente Aeromonas e Enterobacteriaceae) dominaram a estrutura da população bacteriana. Acinetobacter, Pseudomonas, Shewanella, Plesiomonas e Proteus também foram identificados junto com isolados pertencentes à subclasse beta de proteobactérias e bactérias gram-positivas com alto e baixo teor de DNA G + C. Na maioria das amostras, a contagem aeróbica (em TSA) foi de 50–90% da contagem direta (DAPI). Uma bactéria que representa uma linhagem filogenética previamente desconhecida com apenas 89% de similaridade de sequência de gene RNAr 16S à Anaerofilum pentosovorans foi detectada em amostras intestinais, onde as contagens aeróbicas representaram ≤2% das contagens diretas (DAPI). Dez a 75% da população microbiana em amostras com baixas contagens aeróbicas hibridizadas (FISH, na sua sigla em inglês) com uma sonda construída contra esta bactéria ainda não cultivada. Conclusões: as proteobactérias pertencentes à subclasse gama dominaram a microbiota intestinal da truta arco-íris. No entanto, em algumas amostras, a microbiota foi dominada por microrganismos não cultivados presumidamente anaeróbicos. A estrutura populacional bacteriana do intestino da truta arco-íris, bem como a contagem bacteriana total, variou entre os peixes. Significado e impacto do estudo: uma boa correlação foi observada entre os resultados do cultivo e a análise in situ, no entanto, a abordagem molecular foi crucial para a identificação de organismos não cultivados em TSA.